The goal of this course is the introduction into the methods of solving primary structure of proteins, peptides, saccharides, oligosaccharides, lipids and nucleic acids. During the course, participants should get rough idea about mass spectrometry and separation techniques that are commonly used for biopolymers primary structure determination. Principles of "soft" ionization techniques and mass analyzers will be introduced. Mechanisms of biopolymers fragmentation and data interpretation will be described as well. Also, different sample preparation approaches will be mentioned for particular biopolymer and the type of analysis.
Webinar at https://cesnet.zoom.us/j/91686032110?pwd=K1lIVHFpMkdTdm5FOTRWeEwyNmt2QT09 according to the regular schedule.
Last update: RNDr. Petr Man, Ph.D. (03.10.2022)
První hodina 6.10. od 10:40 v 218 aka skleniku.
Přednáška je zaměřena na objasnění metod, které umožňují řešit primární strukturu proteinů, peptidů, sacharidů, oloigosacharidů, lipidů a nukleových kyselin. V průběhu přednáškového cyklu budou studenti seznámeni s principy hmotnostní spektrometrie a separačních technik, které se používají ke studiu struktury biopolymerů. Posluchačům budou vysvětleny principy ionizačních technik a funkce hmotnostních analyzátorů, kde důraz bude kladen na "měkké" ionizační techniky a analyzátory s nimi spojené. Dále budou studentům osvětleny mechanismy fragmentace biopolymerů za různých podmínek a interpretace získaných dat. Také budou popsány přístupy přípravy vzorků různých biopolymerů pro daný typ analýzy.
Na přednášku volně navazuje kurz "Moderní metody výzkumu proteinů" (MC250P21) kde jsou dále rozvíjeny moderní MS techniky využívané ke studiu struktury a interakcí proteinů.
Literature -
Last update: RNDr. Michaela Čermáková, Ph.D. (13.06.2014)
Richard J. Simpson "Proteins and Proteomics" Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York 2003
A. L. Burlingame, Steven A. Carr, Michael A. Baldwin "Mass spectrometry in Biology and Medicine" Humana Press, New Jersey 2000
Aebersold R, Goodlett DR. "Mass spectrometry in proteomics." Chem Rev. 2001 101(2):269-95.
Griffin TJ, Goodlett DR, Aebersold R." Advances in proteome analysis by mass spectrometry." Curr Opin Biotechnol. 2001;12(6):607-12.
Last update: RNDr. Michaela Čermáková, Ph.D. (21.05.2019)
Richard J. Simpson "Proteins and Proteomics" Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York 2003
A. L. Burlingame, Steven A. Carr, Michael A. Baldwin "Mass spectrometry in Biology and Medicine" Humana Press, New Jersey 2000
Aebersold R, Goodlett DR. "Mass spectrometry in proteomics." Chem Rev. 2001 101(2):269-95.
Griffin TJ, Goodlett DR, Aebersold R." Advances in proteome analysis by mass spectrometry." Curr Opin Biotechnol. 2001;12(6):607-12.
Requirements to the exam - Czech
Last update: RNDr. Petr Man, Ph.D. (30.09.2020)
Písemná část zkoušky se skládá z deseti otázek. Každá je za jeden bod. K ústní části zkoušky jsou připuštěni jen studenti, kteří z písemnné části získali šest (60%) a více bodů. Případné alternativní způsoby složení zkoušky budeme řešit v návaznosti na aktuální epidemiologickou situaci.
Syllabus - Czech
Last update: RNDr. Petr Man, Ph.D. (19.02.2019)
1) Úvod do hmotnostní spektrometrie 2) Ionizační techniky 3) Hmotnostní analyzátory a detektory iontů 4) Interpretace spekter biopolymerů 5) Tandemová hmotnostní spektrometrie - identifikace a kvantifikace proteinů 6) Určení místa a typu post-translační modifikace proteinů 7) Kvantitativní proteomika
