The goal of this course is the introduction into the methods solving primary structure of proteins, peptides, saccharides, oligosaccharides, lipids and nucleic acids. During the course participants should get rough idea about mass spectrometry and separation techniues that are commonly used for biopolymers primary structure determination. Principles of "soft" ionization techniques and mass analyzers will be introduced. Mechanisms of biopolymers fragmentation and data interpretation will be descibed as well. Also different sample preparation approaches will be mentioned for particular biopolymer and the type of analysis.
Last update: NOVAK4/NATUR.CUNI.CZ (07.10.2011)
Přednáška je zaměřena na objasnění metod, které umožňují řešit primární strukturu proteinů, peptidů, sacharidů, oloigosacharidů, lipidů a nukleových kyselin. V průběhu přednáškového cyklu budou studenti seznámeni s principy hmotnostní spektrometrie a separačních technik, které se používají ke studiu struktury biopolymerů. Posluchačům budou vysvětleny principy ionizačních technik a funkce hmotnostních analyzátorů, kde důraz bude kladen na "měkké" ionizační techniky a analyzátory s nimi spojené. Dále budou studentům osvětleny mechanismy fragmentace biopolymerů za různých podmínek a interpretace získaných dat. Také budou popsány přístupy přípravy vzorků různých biopolymerů pro daný typ analýzy.
Literature
Last update: NOVAK4/NATUR.CUNI.CZ (07.10.2011)
Richard J. Simpson "Proteins and Proteomics" Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York 2003
A. L. Burlingame, Steven A. Carr, Michael A. Baldwin "Mass spectrometry in Biology and Medicine" Humana Press, New Jersey 2000
Aebersold R, Goodlett DR. "Mass spectrometry in proteomics." Chem Rev. 2001 101(2):269-95.
Griffin TJ, Goodlett DR, Aebersold R." Advances in proteome analysis by mass spectrometry." Curr Opin Biotechnol. 2001;12(6):607-12.
Requirements to the exam - Czech
Last update: NOVAK4/NATUR.CUNI.CZ (31.10.2011)
Písemná část zkoušky se skládá z deseti otázek. Každá je za jeden bod. K ústní části zkoušky jsou připuštěni jen studenti, kteří z písemnné části získali šest (60%) a více bodů.
Syllabus - Czech
Last update: NOVAK4/NATUR.CUNI.CZ (07.10.2011)
1) Úvod do hmotnostní spektrometrie
2) Ionizační techniky
3) Hmotnostní analyzátory a detektory iontů
4) Interpretace spekter biopolymerů
5) Tandemová hmotnostní spektrometrie - identifikace a kvantifikace proteinů
6) Určení místa a typu post-translační modifikace proteinů
7) Přístupy k řešení 3D struktury proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie
8) Hmotnostní spektrometrie jako zobrazovací technika tkání
