The subject is lectured in English during the winter semester and in Czech during the summer semester!
The course teaches the use of internet databases and computational tools that are useful for biochemists. It covers structural analysis of biomolecules using the PyMol program. The second part of the course covers the most significant protein and DNA databases, along with basic bioinformatics tools. It includes comparing protein and DNA databases, searching for related proteins, and detecting key amino acids for protein function. The course also covers the use of the ChemSketch program for drawing chemical structures, as well as the introduction of the most important bibliographic databases and the Zotero citation manager.
Please note that due to the course being taught in a computer room, capacity is limited.
Last update: Jeřábek Petr, Mgr., Ph.D. (14.02.2024)
Předmět je vyučován v zimním semestru v angličtině a v letním semestru v češtině!
Předmětem tohoto praktického kurzu jsou internetové databáze a výpočetní nástroje, které jsou užitečné pro biochemiky. První část kurzu zahrnuje práci s programem PyMol, který je určen pro strukturní analýzu biomolekul. Ve druhé části budou představeny nejdůležitější proteinové a DNA databáze spolu se základními nástroji bioinformatiky, jako je porovnávání proteinových a DNA databází, hledání příbuzných proteinů a detekce klíčových aminokyselin pro funkci proteinů, aj. Součástí výuky je také práce s programem ChemSketch, který je určen pro kreslení chemických struktur. Na závěr budou představeny nejdůležitější bibliografické databáze a správce citací Zotero.
Výuka kurzu probíhá v počítačové učebně, a proto je kapacita kurzu omezena.
Last update: Jeřábek Petr, Mgr., Ph.D. (14.02.2024)
Aim of the course -
The course is aimed to help students to be well oriented in Internet databases and to show where and how to mine reliable and relevant information.
Last update: HPTEST/NATUR.CUNI.CZ (23.11.2009)
Cílem kurzu je představit Internet jako databázi a především ukázat způsob, jak a odkud získat relevantní a věrohodné informace.
Last update: HPTEST/NATUR.CUNI.CZ (23.11.2009)
Literature -
Software manuals and on-line help are recommended study sources for the course.
Last update: Jeřábek Petr, Mgr., Ph.D. (14.02.2024)
Doporučenou literaturou jsou operační manuály jednotlivých programů a nápovědy on-line služeb.
Last update: Jeřábek Petr, Mgr., Ph.D. (14.02.2024)
Requirements to the exam -
During the final practical exam, students are allowed to use internet sources of information, including personal notes, books, and search engines, to solve test tasks.
Last update: Jeřábek Petr, Mgr., Ph.D. (14.02.2024)
Zkouška probíhá praktickou formou na počítači, kdy student řeší zadané problémy. Ke zkoušce jsou povoleny libovolné materiály (osobní poznámky, knihy, vyhledávání pomocí internetu).
Last update: Jeřábek Petr, Mgr., Ph.D. (14.02.2024)
Syllabus -
- Visualization of biomolecules using the PyMol program
- Protein and DNA databases (Uniprot, GenBank, etc.)
- Basic bioinformatics tools (BLAST, comparison of DNA and protein sequences in the Jalview program)
- Structural databases (Protein Data Bank, etc.)
- Drawing chemical structures in the ChemSketch program
- Bibliographic databases (PubMed, Web of Science, etc.) and Zotero citation manager
Last update: Jeřábek Petr, Mgr., Ph.D. (14.02.2024)
- vizualizace biomolekul pomocí programu PyMol
- proteinové a DNA databáze (Uniprot, GenBank, aj.)
- základní bioinformatické nástroje (BLAST, porovnání DNA a proteinových sekvencí v programuJalview)
- strukturní databáze (Protein Data Bank)
- kreslení chemických struktur v programu ChemSketch
- bibliografické databáze (PubMed, Web of Science, aj.) a citační manažer Zotero
Last update: Jeřábek Petr, Mgr., Ph.D. (14.02.2024)
Learning outcomes -
The student visualizes biomolecules using PyMol.
The student searches for information in protein and DNA databases such as UniProt and GenBank.
The student uses basic bioinformatics tools such as BLAST to compare DNA and protein sequences in Jalview.
The student analyzes data from structural databases such as the Protein Data Bank.
The student draws chemical structures in ChemSketch.
The student searches for scientific articles in bibliographic databases such as PubMed and Web of Science and uses the Zotero citation manager.
Last update: Martínek Václav, doc. RNDr., Ph.D. (30.09.2024)
Student vizualizuje biomolekuly pomocí programu PyMol.
Student vyhledává informace v proteinových a DNA databázích, jako jsou UniProt a GenBank.
Student používá základní bioinformatické nástroje, jako je BLAST, pro porovnání DNA a proteinových sekvencí v programu Jalview.
Student analyzuje data ze strukturních databází, například Protein Data Bank.
Student kreslí chemické struktury v programu ChemSketch.
Student vyhledává vědecké články v bibliografických databázích, jako jsou PubMed a Web of Science, a používá citační manažer Zotero.
Last update: Martínek Václav, doc. RNDr., Ph.D. (30.09.2024)
