The course aims to consolidate the biochemical knowledge of students to the extent that it allows for the smooth study of specialised and advanced biochemical lectures. Additionally, its seminar part is based on independent work with literature and Internet-based informational services, incl. AI. The students have to prepare short presentations on given themes.
Lectures and presentations - in Czech -
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (29.09.2025)
Účelem kursu je konsolidovat znalosti studentů z biochemie tak, aby mohli bez problémů zvládat studium výběrových přednášek z biochemie. Současně je jeho cílem (zejména v rámci cvičení) procvičovat samostatnou práci s biochemickou literaturou a informacemi dostupnými na internetu, vč. využití nástrojů umělé inteligence. Studenti připravují a prezentují krátká samostatná vystoupení na zadaná témata (na bázi zadaného odborného článku v anglickém jazyce, reap. podle zadání postupu práce). Předmět slouží také jako přípravný kurs pro státní magisterskou zkoušku z biochemie s cílem upevnit a osvěžit znalosti biochemie z předchozího studia.
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (30.09.2025)
Literature -
Nelson, DL, Cox, MM: Lehninger Principles of Biochemistry, 8th Ed. WH Freeman , N. York, 2021
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (29.09.2025)
Kodíček, M. , Valentová O., Hynek R.: Biochemie, VŠCHT Praha 2015, 2. vyd. 2018, 3. vyd. 2022
Nelson, DL, Cox, MM: Lehninger Principles of Biochemistry, 8th Ed. WH Freeman , N. York, 2021
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (29.09.2025)
Course assessment methods and requirements for successful completion, grading scheme -
Credit: seminar presentation on the given theme, participation in seminars (80% or more).
Exam: in the written form. Response to questions, of the "miniessay" character. The answers are evaluated both according to the content (completness, absence of errors) and to the formal quality (logic of presentation).
Broader themes: Living matter, its characteristics, compartmentation, trophic. Biopolymer structure, basic concepts, hierarchy, comparison of structural types, relationships to biological function. Proteins, structural types, stability and denaturation, physicochemical properties. Enzymesy and biocatalysis, classification and nomenclature, inhibition, influece of external factors, analytics and diagnostics. Metabolism, general principles, reversibility an dregulation, nutrients and their fate in organisms, bioenergetics, importance of oxygen, macroergic compounds. Mitochondria and respiration, TCA, ATP formation, ROS. SaCcharides and their metabolism, glycolysis, fermantation, polysaccharides. Lipids amd their metabolism, structure. importance as energetic reserve. Metabolism of nitrogen-containing compounds, amino acids, amines, ornithine cycle, detoxication of ammonia, purines and pyrimidines, heme. Nukleic acids, transfer of genetic information, RNA, DNA types and structures, genetic code, replication, transcription, translation, posttranslational modifications.
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (29.09.2025)
Zápočet: přednesení zadané prezentace/zprávy o řešení zadaného úkolu v odpovídající kvalitě, alespoň 80% účast na cvičeních. Zkouška: písemná. Odpověď na zadané otázky (problémové otázky, odpovědi - charakter "minieseje", informovaného zamyšlení nad zadaným problémem.) Hodnotí se jak věcná správnost a úplnost odpovědí, tak jejich formální kvalita (logika a uspořádanost výkladu).
Okruhy ke zkoušce
Živá hmota (charakteristiky života z hlediska biochemie, složení živé hmoty, role vody, trofika, buňka, význam kompartmentace, biologické membrány)
Biopolymery (obecné zákonitosti stavby, hierarchie struktury, srovnání jednotlivých typů biopolymerů z hlediska struktury, fyz-chem. vlastností, biochemické funkce)
Proteiny (aminokyseliny, strukturní typy proteinů, struktura primární, sekundární, terciární a kvartérní, stabilita a denaturace, fyzikálně-chemické vlastnosti, složené proteiny)
Enzymy a biokatalýza (klasifikace enzymů, jejich aktivita, ovlivnění aktivity vnějšími faktory, inhibice, měřeni aktivity a specifické aktivity enzymů, jejich využití v analytice a diagnostice, alosterie)
Metabolismus (obecné zákonitosti metabolismu, reverzibilita a regulace, koloběh energie v biosféře a fotosyntéza, metabolismus heterotrofních organismů a člověka - živiny a jejich osud, bioenergetika a integrace metabolických dějů, význam kyslíku, makroergické sloučeniny, sekundární metabolity)
Mitochondrie a buněčná respirace (citrátový cyklus, dýchací řetězec, tvorba ATP, reaktivní formy kyslíku, přenos kyslíku do tkání)
Sacharidy a jejich metabolismus (sacharidy jako zdroj energie v potravě, polysacharidy, glykolýza, kvasné pochody)
Lipidy a jejich metabolismus
(struktura lipidů, význam tuků jako zásobních látek, odbourávání a biosyntéza mastných kyselin a triacylglyceridů)
Metabolismus dusíkatých látek (biosyntéza a odbourávání aminokyselin, aminy, močovinový cyklus, purinové a pyrimidinové báze, hem)
Nukleové kyseliny a přenos genetické informace (struktura RNA a DNA, genetický kód, replikace, transkripce, translace, postranslační modifikace proteinů, mechanismy mutací v DNA)
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (29.09.2025)
Syllabus -
Living matter: general characteristics of life, composition, trophic, cell, the importance of compartmentation, biological membranes.
Biopolymers: general principles of structure, the hierarchy of structures, comparison of individual types, physicochemical properties, biochemical functions, structure-activity relationships.
Proteins: structural types, primary, secondary, tertiary and quaternary structures, stability and denaturation, physicochemical properties, composite proteins.
Peptides.
Enzymes and biocatalysis: catalysts, classification of enzymes, activity, its influence by external factors, inhibition, measurement of enzyme activity, use in analytics and diagnostics.
Metabolism: general patterns, reversibility and regulation, energy cycle in the biosphere, photosynthesis, metabolism of heterotrophic organisms and man - nutrients and their fate, integration of metabolic processes, the importance of oxygen, macroergic compounds, secondary metabolites.
Mitochondria and cellular respiration: citrate cycle, respiratory chain, ATP formation, reactive oxygen species, alternative ways of nutrient utilization.
Carbohydrates and their metabolism: carbohydrates as a source of energy in food, polysaccharides - cellulose, starch, glycogen, glycolysis, fermentation processes.
Lipids and their metabolism: lipid structure, the importance of fats as storage substances, degradation and biosynthesis. Nitrogen metabolism: amino acids, amines, urea cycle, purine and pyrimidine bases, haem.
Nucleic acids and transfer of genetic information: structure of RNA and DNA, genetic code, replication, transcription, translation, protein folding and chaperones, post-translational modification of proteins.
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (23.10.2019)
Živá hmota: obecné charakteristiky života, složení, trofika, buňka, význam kompartmentace, biologické membrány.
Biopolymery: obecné zákonitosti stavby, hierarchie struktury, srovnání jednotlivých typů, fyz-chem. vlastnosti, biochemické funkce, vztahy struktura-aktivita.
Proteiny : strukturní typy, struktura primární, sekundární, terciární a kvartérní, stabilita a denaturace, fyzikálně-chemické vlastnosti, složené proteiny. Peptidy.
Enzymy a biokatalýza: katalyzátory, klasifikace enzymů, aktivita, její ovlivnění vnějšími faktory, inhibice, měřeni aktivity enzymů, využití v analytice a diagnostice.
Metabolismus: obecné zákonitosti, reverzibilita a regulace, koloběh energie v biosféře, fotosyntéza, metabolismus heterotrofních organismů a člověka - živiny a jejich osud, integrace metabolických dějů, význam kyslíku, makroergické sloučeniny, sekundární metabolity.
Mitochondrie a buněčná respirace: citrátový cyklus, dýchací řetězec, tvorba ATP, reaktivní formy kyslíku, alternativní cesty utilizace živin.
Sacharidy a jejich metabolismus: sacharidy jako zdroj energie v potravě, polysacharidy, glykolýza, kvasné pochody.
Lipidy a jejich metabolismus: struktura lipidů, význam tuků jako zásobních látek, odbourávání a biosyntéza.
Nukleové kyseliny a přenos genetické informace: struktura RNA a DNA, genetický kód, replikace, transkripce, translace, folding proteinů a chaperony, postranslační modifikace proteinů.
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (03.10.2022)
Learning outcomes -
Students are able to write a short text (1-2 paragraphs) pertaining to a biochemical problem. The text has to be logically structured, concise and answering the presented questions. They are able to search and use the biochemical literature and to work with the AI instruments.
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (28.12.2025)
Studenti dokáží napsat krátký text (1-2 odstavce) k zadané otázce; přitom jde o text logicky strukturovaný, věcně správný a odpovídající na problémovou (srovnávací apod.) stránku zadání. Dokáží pracovat s (anglickou) biochemickou literaturou a s nástroji "umělé inteligence" a kriticky je hodnotit.
Last update: Hudeček Jiří, prof. RNDr., CSc. (28.12.2025)
