Last update: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (10.09.2020)
The practical course runs on both days in one week, i.e. both on Mondays and Tuesdays. The task schedule is available upon registration in Moodle and will be created after the first introductory meeting at the beginning of the course where students pass and sign the safety training and also divide into working groups (two people) - the personal attendance at this meeting is mandatory!
The aim of this practical course is to introduce students to both common and modern instrumental biochemical methods, such as extraction of compounds from natural material, UV/VIS absorption spectrophotometry, chromatographic techniques (HPLC, FPLC, ion exchange, hydrophobic, gel permeation and affinity chromatography, chromatography on reversed phase), electromigration methods (agarose, SDS polyacrylamide and native electrophoresis for separation and visualization of DNA or proteins, Western blot - electroblotting of proteins with their immunodetection), crystallization of proteins and methods of their structural determination, PCR amplification of DNA and related techniques of work with DNA (cloning, real-time PCR resp. quantitative Q-PCR, next-generation DNA sequencing), as well as practical session in computer room devoted to basics of bioinformatics and work with PyMol software for visualization of the structure of biomacromolecules.
The course is finished by another session on searching in biochemical information sources, work with scientific literature and evaluation of experimental results, introduction to principles of text structuring and formal requirements relevant to scientific literature (i.e. bachelor thesis or scientific publications) and subsequent writing of a final report for one given practical task in a form of small scientific work, its timely submission and oral discussion ("defence").
Theoretical introduction to all used techniques, supervision of the exercises and discussion of the obtained results is provided in English to all Erasmus students. The written final report is accepted in English.
Last update: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (10.09.2020)
Praktikum probíhá většinou oba dva dny v týdnu - v pondělí i úterý(některé úlohy jsou dvoudenní)! Většina úloh obvykle začíná od 9:00 a trvá obvykle do 14:00. Rozpis jednotlivých úloh bude přístupný po přihlášení v systému Moodle po jeho sestavení po úvodní schůzce spojené se školením bezpečnosti práce, rozdělením studentů do pracovních skupin (dvojic), přiřazení k jednotlivým úlohám a ke konkrétním termínům bude také provedeno po této úvodní schůzce; absolvování této schůzky je pro vstup do praktika povinné.
Cílem praktika je seznámit studenty s běžnými i pokročilými instrumentálními metodami používanými nejen v biochemii, jako je extrakce látek z přírodního materiálu, UV/VIS absorpční spektrofotometrie, chromatografické techniky (HPLC, FPLC, iontově výměnná, hydrofobní, gelová permeační a afinitní chromatografie, reverzní chromatografie na obrácené fázi), elektromigrační metody (agarosová, SDS polyakrylamidová a nativní elektroforéza pro separaci a vizualizaci DNA či proteinů, Western blot - elektropřenos proteinů s následnou imunodetekcí), krystalizace proteinů a metody jejich strukturního výzkumu, PCR amplifikace DNA a odvozené techniky práce s DNA (klonování, real-time PCR resp. kvantitativní Q-PCR, next generation DNA sekvenace).
Vedeni snahou o větší přiblížení toto pokročilého praktika k reálné vědecké práci, začleňujeme do některých úloh prvky problémového vyučování, kdy studenti po odpovídající teoretické přípravě sami navrhují postup řešení problému.
Součástí praktika je také praktický kurz práce s programem pro vizualizaci biomolekul (PyMol), praktické základy bioinformatiky, seznámení se s technikou vyhledávání v biochemických informačních zdrojích, práce s odbornou literaturou a vyhodnocování výsledků. Kurz je ukončen seznámením s principy členění textu i formálních náležitostí platných pro vypracovávání odborných prací (např. bakalářské práce či vědeckých publikací) a následným vypracováním "protokolu" z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce, jejím včasným odevzdáním a ústní diskuzí ("obhajobou").
Literature -
Last update: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)
Required literature: Krajhanzl A, Hladík J et al.: Biochemické metody. Návody k praktickým cvičením. UK Praha 1991. (Manual of methods and protocols)
Last update: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)
Doporučená literatura:
Krajhanzl A, Hladík J et al.: Biochemické metody. Návody k praktickým cvičením. UK Praha 1991.
Anzenbacher P, Kovář J: Metody chemického výzkukmu pro biochemiky, MŠ Praha, 1986
Requirements to the exam -
Last update: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (04.01.2014)
Credit: successful work in the laboratory on all given laboratory tasks, delivery of the final report in required quality and in time, oral discussion of the report.
Last update: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)
Zápočet: úspěšné absolvování zadaných úloh, vypracování přiděleného protokolu v odpovídající kvalitě, jeho včasné odevzdání a diskuse.
Syllabus -
Last update: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (27.09.2019)
Tasks:
INF/PYM - Basics of bioinformatics and isualization of biomacromolecules in PyMol software
IEX - Separation of proteins using ion exchange chromatography and gel filtration on FPLC
IMAC & WB - Isolation, purification, electrotransfer and immunodetection of a protein produced via heterologous expression
X - protein crystallization and methods of biomacromolecules' structure determination
PCR - Polymerase chain reaction of DNA, rtPCR
HPLC - Separation of plant pigments by reversed phase chromatography
LIT - Training in work with scientific literature
The course is finished by delivering a short report from one given lab task in a form of short scientific writing.
Last update: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (27.09.2019)
Úlohy:
INF/PYM - základy bioinformatiky a vizualizace biomolekul v programu PyMol
IEX - Separace protenů pomocí iontově výměnné chromatografie na FPLC
X - krystalizace proteinů a metody studia struktury biomakromolekul
PCR - Polymerasová řetězová reakce DNA, rtPCR
HPLC - Separace rostlinných pigmentů pomocí chromatografie na reverzní fázi
LIT - citační manager + práce s odbornou literaturou
Kurz je ukončen vypracováním protokolu z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce.
Entry requirements - Czech
Last update: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (28.01.2015)
Praktikum je určeno pro studenty 3. ročníku bakalářského studia biochemie. Vzhledem k tomu, že se zaměřuje na pokročilé instrumentální biochemické metody, předpokládáme, že účastníci jsou kromě teoretické znalosti biochemie vybaveni také znalostmi základních chemických a biochemických metod. Tedy že již úspěšně absolvovali Praktikum z laboratorní techniky a také Biochemické praktikum (MC250C31N), popř. ekvivalentní předměty.
