This course deals with particular model exercises from evolutionary ecology. Students become acquainted with
application of basic morphometric, statistic and phylogenetic methods, which are traditionally used in
ecomorphology. The demonstration of the basic ecomorphological adaptations in zoological collections will be
supplemented with the solving of the specific model problems using real datasets.
The aim of the course is to inform students of intrataxonomic diversification of shapes and sizes in selected groups
of animals and their ecomorphological and phylogentical interpretation.
Last update: Frýdlová Petra, RNDr., Ph.D. (04.01.2023)
Cvičení je zaměřeno na řešení konkrétních modelových evolučně-ekologických úloh. Studenti se při té příležitosti
seznámí s použitím základních morfometrických, statistických a fylogenetických metod používaných v
ekomorfologii. Praktikum bude probíhat jednak demonstrací ekomorfologických adaptací zvířat k životu na
sbírkovém materiálu. Dále formou analýzy reálných dat.
Celé praktikum má za cíl seznámit studenty na příkladu vybraných skupin živočichů s vnitrotaxonovou diversitou
tvarů a velikostí a její ekomorfologickou a fylogenetickou interpretací.
Last update: Frýdlová Petra, RNDr., Ph.D. (04.01.2023)
Requirements to the exam -
Short homeworks and the presence on the courses are required.
Last update: Frýdlová Petra, RNDr., Ph.D. (20.02.2017)
Zápočet bude udělen za účast na praktiku a vypracování krátkých domácích úloh.
Last update: Frýdlová Petra, RNDr., Ph.D. (20.02.2017)
Syllabus -
Analysis of body size and body shape on the model species of leopard gecko. Application of various growth models (Statistica).
The second task is focused on the comparison of geometric (tpsUTIL, tpsDIG, CoordGen, TMorphGen, BigFix, PCAGenCVAGen, TwoGroup, MorphoJ) and linear morphometry.
Effect of phylogeny on biological data. Familiarization with Mesquite, which is meant for phylogenetic analysis, creation of cladograms, phylogenetic corrections of quantitative data, reconstruction of ancestral states and Felsenstein's independent contrasts. Comparison with other phylogenetic programs (Compare, R Ape package)
Last update: Frýdlová Petra, RNDr., Ph.D. (04.01.2023)
První úloha se bude věnovat analýze velikosti a tvaru těla na modelové skupině gekončíka nočního. Analýza růstových dat, aplikace jednotlivých růstových modelů (Statistica).
Druhá úloha je zaměřena na geometrickou morfometrii. Studenti se na fotografiích vybraných zástupců primátů naučí pracovat se základními programy pro geometrickou morfometrii (tpsUTIL, tpsDIG, CoordGen, TMorphGen, BigFix, PCAGenCVAGen, TwoGroup, MorphoJ). Srovnání s klasickou morfometrií.
Seznámení s problematikou fylogenetického signálu v biologických datech. Práce s programem Mesquite určeným k fylogenetickým analýzám, tvorba kladogramů, fylogenetická korekce pro kvantitativní data, rekonstrukce ancestrálního stavu znaku, metoda nezávislých kontrastů. Porovnání s dalšími programy pro fylogenetické korekce (Compare, R balíček Ape)
Last update: Frýdlová Petra, RNDr., Ph.D. (04.01.2023)
Learning outcomes -
Applies mathematical growth models in the analysis of body size and shape data in model animal groups. Performs geometric morphometrics using specialized software to quantify shape variability and compares its results with classical morphometry methods. Demonstrates the ability to work with phylogenetic analysis software for the purpose of constructing cladograms and reconstructing ancestral character states. Utilizes the method of independent contrasts and other phylogenetic corrections for processing quantitative biological data. Interprets ecomorphological adaptations and phylogenetic signal based on the analysis of real data. Proposes an appropriate methodological approach for solving specific evolutionary-ecological tasks with regard to the nature of the available data.
Last update: Frýdlová Petra, RNDr., Ph.D. (29.01.2026)
Aplikuje matematické růstové modely při analýze dat o velikosti a tvaru těla u modelových skupin živočichů. Provádí geometrickou morfometrii s využitím specializovaného softwaru pro kvantifikaci tvarové variability a porovnává její výsledky s metodami klasické morfometrie. Demonstruje schopnost pracovat v programech pro fylogenetickou analýzu za účelem tvorby kladogramů a rekonstrukce ancestrálních stavů znaků. Využívá metodu nezávislých kontrastů a další fylogenetické korekce pro zpracování kvantitativních biologických dat. Interpretuje ekomorfologické adaptace a fylogenetický signál na základě analýzy reálných dat. Navrhuje vhodný metodologický postup pro řešení konkrétních evolučně-ekologických úloh s ohledem na charakter dostupných dat.
Last update: Frýdlová Petra, RNDr., Ph.D. (29.01.2026)
