Diatoms (Bacillariophyta) are one of the most diversified group of algae. They occur worldwide in both aquatic and terrestrial habitats. Diatoms are important in global biogeochemical cycles because they contributed up to 20% to carbon fixation and up to 50% to oxygen production. A unique feature of diatoms is formation of glass shells, which is produced by silicification of their cell walls. Morphologically variable diatom shells (frustules) are frequently used in monitoring of recent and past environmental conditions. The course Diatomology will focus on basic knowledge of diatom taxonomy, morphology, and ecology in practical way. Lab work will focus on light microscope observations of living and cleaned diatom samples. We will use digital photography systems to document the groups. One field trips outside the lab will be expected. The course would be useful to undergraduates and graduate students interested in protistology, algology, aquatic ecology and diversity of photosynthetic organisms as well as biomonitoring.
The course will be held in blocks: 27.2. + 6.3. + 13.3 (od 9 am - 3 pm).
Last update: Kulichová Jana, doc. Mgr., Ph.D. (07.01.2026)
Rozsivky (diatoms, Bacillariophyta) jsou jednou z morfologicky a evolučně nejdiverzifikovanějších skupin řas. Vyskytují se ve vodních i terestrických ekosystémech po celém světě. Mají velký význam v globálních biogeochemickéých cyklech, jelikož se mohou podílet až z 20% na celosvětové fotosyntetické fixaci uhlíku a z 50% na produkci kyslíku. Unikátním znakem rozsivek je jejich skleněná schránka, která vzniká silicifikací buněčné stěny. Právě morfologicky variabilní schránky rozsivek jsou hojně využívané pro biomonitoring a paleolimnologii. Kurz diatomologie je zaměřen na získání základních znalostí o taxonomii, morfologii a ekologii rozsivek prostřednictvím vypracování studentských projektů. Praktická část bude zaměřena na sběr vzorků z terénu, zpracování a příprava vzorků pro mikroskopii, fotodokumentace schránek rozsivek a identifikace taxonů pro účely zpracování témat projektů. Kurz je vhodný pro bakalářské i magisterské studenty, kteří se zajímají o obory jako jsou protistologie, algologie, ekologie vodních ekosystémů a biomonitoring.
Kurz bude probíhat blokově ve dnech 27.2. + 6.3. + 13.3. 2026 (od 9 - 15 hodin).
Last update: Kulichová Jana, doc. Mgr., Ph.D. (07.01.2026)
Literature -
FE Round, RM Crawford and DG Mann, The Diatoms: Biology & Morphology of the Genera, Cambridge University Press, 1990.
DG Mann, RM Crawford and FE Round. Bacillariophyta. Springer, 2017 - https://doi.org/10.1007/978-3-319-28149-0_29
JP Smol and EF Stoermer, The Diatoms: Applications for Environmental and Earth Sciences, Second Edition, Cambridge University Press, p.667, 2010.
B Harding, C Archibald and JC Taylor. A Methods Manual for the Collection, Preparation and Analysis of Diatom Samples, 2007 - https://www.wrc.org.za/wp-content/uploads/mdocs/TT281-07.pdf
Identification of diatom genera - https://diatoms.org/morphology
Identifiaction of diatom genera and species - https://drive.google.com/file/d/1hC2qmRC2ybncyBG31S5EFWuCiaUC_7NR/view
H Lange-Bertalot, M Cantonati, M Kelly, G Hofmann and M Werum, Freshwater benthic diatoms of Central Europe: over 800 common species used in ecological assessment, Koeltz Botanical Books, 2017.
Last update: Kulichová Jana, doc. Mgr., Ph.D. (07.01.2026)
FE Round, RM Crawford and DG Mann, The Diatoms: Biology & Morphology of the Genera, Cambridge University Press, 1990.
DG Mann, RM Crawford and FE Round. Bacillariophyta. Springer, 2017 - https://doi.org/10.1007/978-3-319-28149-0_29
P Smol and EF Stoermer, The Diatoms: Applications for Environmental and Earth Sciences, Second Edition, Cambridge University Press, p.667, 2010.
B Harding, C Archibald and JC Taylor. A Methods Manual for the Collection, Preparation and Analysis of Diatom Samples, 2007 - https://www.wrc.org.za/wp-content/uploads/mdocs/TT281-07.pdf
Rodová a druhová identifikace rozsivek - https://drive.google.com/file/d/1hC2qmRC2ybncyBG31S5EFWuCiaUC_7NR/view
H Lange-Bertalot, M Cantonati, M Kelly, G Hofmann and M Werum, Freshwater benthic diatoms of Central Europe: over 800 common species used in ecological assessment, Koeltz Botanical Books, 2017.
Last update: Kulichová Jana, doc. Mgr., Ph.D. (07.01.2026)
Requirements to the exam -
Students should be present on all 3 blogs and prepare protocols accordingly.
Important information: "The course can only be evaluated with CREDIT POINTS, no MARKS! Please, note, that there is no percentage evaluation!"
Last update: Kopalová Kateřina, Mgr., Ph.D. (21.11.2024)
Aktivní účast na všech hodinách kurzu. Průběžné vypracování zadaných úkolů. Zápočet bude udělen na základě vypracovaných protokolů upravených v případě nutnosti podle komentářů vyučujících.
Important information: "The course can only be evaluated with CREDIT POINTS, no MARKS! Please, note, that there is no percentage evaluation!"
Last update: Kulichová Jana, doc. Mgr., Ph.D. (07.01.2026)
Syllabus -
A plan of the course:
- diatom classification
- identification terminology
- diversity of diatom genera
- ecology of diatoms
- scientific topics associated with diatom research
- collection of natural samples and preparation of permanent slides
- identification of diatoms using both light end electron microscopy
- assessment of intra- and interspecific variability in morphology using microphotographs
- recognition of the habitat origin (aquatic/terrestrial; marine/freshwater; planktic/benthic)
- evaluation of water-quality (trophy indices, acidity, indicator taxa)
Last update: Kulichová Jana, doc. Mgr., Ph.D. (22.01.2020)
Kurz bude probíhat turnusově. Menší část bude věnována přednáškám a vetší část praktickému metodologickému přístupu.
Plán kurzu:
- základní klasifikace rozsivek
- terminologie spojená s identifikací rozsivek
- představení rodové diverzity rozsivek
- ekologický význam rozsivek
- vědecké otázky spojené s výzkumem rozsivek
- demonstrace sběru přírodních vzorků a příprava trvalých preparátů
- pozorování a determinace rozsivek ve světelném a elektronovém mikroskopu
- vyhodnocení vnitrodruhové a mezidruhové morfologické variability rozsivek pomocí mikrofotografií
- rozpoznání na základě rozsivek z jakého habitatu (vodní/terestrický, mořský/sladkovodní, planktonní/bentický) byl vzorek odebrán
- určení kvality vody pomocí rozsivek (indexy trofie, acidita, indikátorové taxony)
Last update: Kulichová Jana, doc. Mgr., Ph.D. (07.01.2026)
Learning outcomes -
Students
- independently collect natural samples in the field; prepare permanent specimens in the laboratory; master observation techniques using light and electron microscopes
- can classify diatoms into basic morphological groups; use correct terminology when describing frustule morphology
- evaluate intergeneric morphological variability of diatoms; identify diatoms into genera
- consolidate their newly acquired knowledge through online quizzes
- take microphotographs of found taxa; create diatom image plates using software
- apply acquired knowledge of morphology to selected taxa photographed from their own samples; use appropriate terminology when describing image plates
- correlate the autecological characteristics of one of the independently identified species with the specific conditions of the location where they collected the sample
- develop the ability to cooperate professionally and engage in critical discussion of taxonomic issues while working in pairs and interacting with the teaching team
Last update: Kulichová Jana, doc. Mgr., Ph.D. (07.01.2026)
Studenti
- samostatně realizují sběr přírodních vzorků v terénu; připravují v laboratoři trvalé preparáty; ovládají techniky pozorování ve světelném i elektronovém mikroskopu
- umí klasifikovat rozsivky do základních morfologických skupin; používají správnou terminologii při popisu morfologie schránek
- vyhodnocují mezirodovou morfologickou variabilitu rozsivek; identifikují rozsivky do rodů
- prostřednictvím online kvízů upevňují své nově nabyté znalosti
- pořizují mikrofotografie nalezených taxonů; tvoří prostřednictvím softwaru rozsivkové obrazové tabule
- aplikují získané znalosti o morfologii u vybraných taxonů vyfocených z vlastních vzorků; využijí vhodnou terminologii při popisu obrazových tabulí
- dají do souvislosti autekologické vlastnosti jednoho ze samostatně identifikovaných druhů s konkrétními podmínkami lokality, kde vzorek sami odebrali
- v rámci práce ve dvojicích a interakce s týmem vyučujících rozvíjejí schopnost odborné kooperace a kritické diskuse nad taxonomickými problémy
Last update: Kulichová Jana, doc. Mgr., Ph.D. (07.01.2026)
