One-semester practical course in English aims at obtaining an overview and hands-on experience in using
computational methods for modern drug design. It is desirable that the attendees have previous knowledge of
structure and function of biomolecules, general chemistry and use of computers for scientific work. Aimed at
Master students of 1st or 2nd year (potentially 3rd year Bachelor students) and PhD students including medical
faculties.
The topics covered in the course:
1. Discovery of new biologically active compounds
2. Structure, dynamics and interactions in biomolecule-ligand complexes
3. Biologically active compounds, their properties and interactions
4. Docking, molecular mechanics and dynamics, scoring
5. Ligand-based drug design
Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (16.04.2024)
Jednosemestrální praktický kurs (přednášky a cvičení) v angličtině je zaměřen na získání přehledu a praktických
dovedností v používání výpočetních metod pro moderní návrh léčiv. Je s výhodou, pokud frekventanti tohoto kursu
absolvovali přednášky o struktuře a funkci biomolekul, obecné chemii a použití počítačů k vědecké práci. Určeno
pro studenty 1. a 2. ročníku navazujícího magisterského studia (příp. pro 3. ročník bakalářského studia) a pro
postgraduální (Ph.D.) studenty včetně lékařských oborů.
V kurzu budou probírána následující témata:
1. Objevování nových biologicky aktivních látek
2. Struktura, dynamika a interakce v komplexech biomolekul s ligandy
3. Biologicky aktivní látky, jejich vlastnosti a interakce
4. Dokování, molekulová mechanika, dynamika, skórování
5. Návrh léků založený na ligandech
Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (16.04.2024)
Literature -
The topics are partially covered in the following books: Basic: Young, D.C. Computational Drug Design. Wiley, 2009. Krogsgaard-Larsen, P; Stromgaard, K; Madsen, U. Textbook of Drug Design and Discovery, 4th ed., CRC Press, 2010. Recommended: Young D.C. Computational Chemistry, a Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. Wiley, 2001. Leach AR. Molecular Modelling - Principles and Applications (2 edition). Pearson Education, 2001. Alvarez, J. & Shoichet B. (Eds.). Virtual Screening in Drug Discovery. Taylor&Francis, 2005.
Last update: Lepšík Martin, RNDr. Mgr., Ph.D. (18.10.2025)
Obsah přednášky je částečně pokryt v následujících knihách: Základní: Young, D.C. Computational Drug Design. Wiley, 2009. Krogsgaard-Larsen, P; Stromgaard, K; Madsen, U. Textbook of Drug Design and Discovery, 4th ed., CRC Press, 2010. Doporučená: Young D.C. Computational Chemistry, a Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. Wiley, 2001. Doporučená: Leach AR. Molecular Modelling - Principles and Applications (2 edition). Pearson Education, 2001. Doporučená: Alvarez, J. & Shoichet B. (Eds.). Virtual Screening in Drug Discovery. Taylor&Francis, 2005.
