Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (25.10.2019)
Metabolism is a fundamental cellular process that provides molecular building blocks for growth and maintenance of life. To optimize resource use and maximize fitness, cells must be able to respond to genetic and environmental changes through highly coordinated metabolic regulation. The course first introduces the basic principles of operation and regulation of metabolic networks and then covers a new area of genomic level of metabolic modeling. The course will show how to link genomic data to mechanistic modeling using examples of cell factories and microbial communities.
Areas covered: architecture of metabolic networks, genomic level of metabolic models, flux balance analysis, composition of cell factories, simulation of metabolic interactions in microbial communities.
Last update: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)
Metabolismus je fundamentální buněčný proces, který poskytuje molekulární stavební bloky po růst a udržbu života. Aby mohly buňky optimalizovat využití zdrojů a maximalizovat svou fitnes, musí umět odpovídat na genetické změny a změny přícházející z vnějšího prostředí za pomoci vysoce koordinované regulace metabolismu. Kurz nejprve představí základní principy operace a regulace metabolických sítí a poté pokryje novou oblast genomické úrovně metabolického modelování. Kurz ukáže jak spojit genomická data s mechanistickým modelováním na příkladech buněčných továren a mikrobiálních komunit.
Pokryté oblasti: architektura metabolických sítí, genomická úroveň metabolických modelů, flux balance analýza, složení buněčných továren, simulace metabolických interakcí v mikrobiálních komunitách.
Literature - Czech
Last update: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)
Studenti budou mít k dispozici odborné články a kapitoly z knih (příklady jsou uvedeny níže). K dispozici bude také manuál pro cvičení a software pro analýzy.
1. Zelezniak A, Andrejev S, Ponomarova O, Mende DR, Bork P & Patil KR. Metabolic dependencies drive species co-occurrence in diverse microbial communities. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112 (20), 6449-6454 (2015).
2. Brochado A.R. & Patil K.R. Model-guided identification of gene deletion targets for metabolic engineering in Saccharomyces cerevisiae. Yeast Metabolic Engineering: Methods and Protocols, Springer, 1152:281-294 (2014).
3. Patil K. R., Rocha I., Forster J. & Nielsen J. Evolutionary programming as a platform for in silico metabolic engineering. BMC Bioinformatics. 6, 308 (2005).
Requirements to the exam -
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (25.10.2019)
Content of presentations from individual lectures.
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (25.10.2019)
Náplň prezentací z jednotlivých přednášek.
Syllabus -
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (25.10.2019)
What students will gain during the course:
(i) a basic understanding of metabolic models at the genomic level
(ii) understanding the conversion of genomic and meta genomic data into metabolic models
(iii) skills to carry out basic metabolic modeling in both species and communities
skills to perform simulations for desih microbial cell factories
Last update: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)
Co studenti na kurzu získají:
i) základní porozumění metabolických modelů na genomové úrovni
ii) porozumění převodu genomických a meta genomických dat do metabolických modelů
iii) dovedodnosti k provádění zakladního metabolického modelování v jednom druhu i komunitách
dovednosti k provádění simulací pro desihn mikrobiálních buněčných továren
Entry requirements - Czech
Last update: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)
