Bioinformatical databases and application - MB151P101

• Title: Bioinformatické zdroje a aplikace
• Czech title: Bioinformatické zdroje a aplikace
• Guaranteed by: Department of Cell Biology (31-151)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2024
• Semester: summer
• E-Credits: 2
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:0/2, C [HT]
• Capacity: 30
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment; priority enrollment if the course is part of the study plan
• Guarantor: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
• Teacher(s): Mgr. Marian Novotný, Ph.D.

Annotation

Předmět seznamuje studenty s dostupnými databázemi a aplikacemi na Evropském bioinformatickém institutu a to formou cvičení a tutorialů, které studenty provedou současnými možnostmi tohoto největšího zdroje bioinformatických dat. Studenti zjistí, co už je hotové, aby posléze "neobjevovali kolo" a nevytvářeli aplikace, které už existují.

Last update: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (03.07.2018)

Literature

https://www.ebi.ac.uk/training/online/

Last update: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (03.07.2018)

Requirements to the exam

Během zkoušky budou ověřovány znalosti z obsahu jednotlivých oblastí  formou písemného praktického testu na počítači a za použití studovaných zdrojů a aplikací

 

Last update: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (23.09.2019)

Syllabus

Předmět bude formou cvičení a tutorialů, které studenty provedou současnými možnostmi tohoto největšího zdroje bioinformatických dat. Studenti zjistí, co už je hotové, aby posléze "neobjevovali kolo" a nevytvářeli aplikace, které už existují.

Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Learning outcomes

Po úspěšném absolvování tohoto praktického kurzu student:

Odborné znalosti (Knowledge)

• Vysvětlí roli a strukturu Evropského bioinformatického institutu (EBI) a rozliší zaměření jeho klíčových databází.

• Popíše rozdíly mezi archivními databázemi hrubých dat (ENA) a kurátorskými znalostními bázemi (UniProt, Reactome).

• Definuje typy dat uchovávané v chemicko-biologických databázích (ChEBI vs. ChEMBL) a vysvětlí jejich význam pro vývoj léčiv.

Odborné dovednosti (Skills)

• Efektivně vyhledává v portálu EBI a samostatně řeší komplexní vyhledávací úlohy ("Treasure Hunt") vyžadující navigaci napříč různými zdroji.

• Získá a interpretuje detailní informace o proteinech z databáze UniProt, včetně sekvence, funkční anotace a variant.

• Provádí pokročilé vyhledávání nukleotidových sekvencí v ENA (European Nucleotide Archive) a extrahuje metadata sekvenačních projektů.

• Pracuje s genomovým prohlížečem Ensembl pro vizualizaci genů v kontextu genomu a využije nástroj Variant Effect Predictor (VEP) k odhadu dopadu mutací.

• Analyzuje biologické dráhy pomocí databáze Reactome, včetně mapování seznamu genů na metabolické a signální kaskády (pathway enrichment analysis).

• Vyhledává chemické struktury a data o bioaktivitě malých molekul v databázích ChEBI a ChEMBL.

• Aplikuje základní fylogenetické nástroje a vyhledává v proteomických repozitářích (např. v kontextu EBI služeb).

Obecné způsobilosti (Kompetence)

• Zvolí adekvátní databázi pro daný typ biologické otázky (např. "hledám chemickou strukturu léku" vs. "hledám promotor genu").

• Integruje data z genomiky, proteomiky a systémové biologie (pathways) k vytvoření uceleného obrazu o funkci studované biomolekuly.

• Kriticky posoudí kvalitu a úroveň anotace nalezených záznamů (např. rozlišení mezi "reviewed" a "unreviewed" záznamy v UniProt).

Last update: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (04.02.2026)