Fluorescence histological methods have revolutionized the study of developmental processes. Practical exercises will enable to understand principles of fluorescence histological techniques, preparation of preparations and their microscopic processing. Genetically modified model organisms of evolutionary biology - nematode, frog claw and mouse expressing fluorescent proteins will be used. During the practical exercise, microscopes acquired from the OP VVV project - light sheet microscope, virtual-slide microscope and life-cell imager will be used intensively. The main aim of the practical exercise is to acquaint students with modern approaches to the study of developmental processes that do not resign to the complexity of cellular arrangements.
Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)
Fluorescenční histologické metody přinesly revoluci do studia vývojových procesů. Praktické cvičení umožní pochopit principy fluorescenčních histologických technik, přípravu preparátů, jejich mikroskopického zpracování. Budou využity geneticky modifikované modelové organismy vývojové biologie – háďátko, žába drápatka a myš exprimující fluorescenční proteiny. Během praktického cvičení budou intenzivně využity mikroskopy pořízené z projektu OP VVV – light sheet mikroskop, virtual-slide mikroskop a life-cell imager. Hlavním cílem praktického cvičení je seznámit studenty s moderními přístupy studia vývojových procesů, které nerezignují na komplexitu buněčných uspořádání.
Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (21.02.2018)
Literature -
Histology: A Text and Atlas, with Correlated Cell and Molecular Biology, 6th Edition 6th Edition, Michael H. Ross a Wojciech Pawlina MD ISBN-13: 978-0781772006, ISBN-10: 0781772001
Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (21.02.2018)
Histology: A Text and Atlas, with Correlated Cell and Molecular Biology, 6th Edition 6th Edition, Michael H. Ross a Wojciech Pawlina MD ISBN-13: 978-0781772006, ISBN-10: 0781772001
Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (27.03.2018)
Requirements to the exam -
The theoretical and practical knowledge gained in practical exercises will be tested.
Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (25.10.2019)
Budou prověřovány teoretické i praktické znalosti získané na praktickém cvičení.
Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (25.10.2019)
Syllabus -
Theory of fluorescence techniques.
Observation of cellular processes in vivo and in situ.
Hands-on training with light sheet fluorescence microscopy for 3D imaging of large specimens.
Confocal microscopy and identification of individual tissue types.
Stereomicroscopic analysis of fluorescent models.
High-throughput automated imaging of large numbers of samples.
Basics of three-dimensional image data analysis, including the use of machine learning tools.
Consultations on the application of fluorescence techniques in students’ own projects.
Visit to the Czech Centre for Phenogenomics and hands-on experience with their phenotyping procedures.
Last update: Pačes Jan, RNDr., Ph.D. (08.02.2026)
Teorie fluorescenčních technik.
Pozorování buněk in vivo a in situ.
Práce s light sheet fluorescenčním mikroskopem pro zobrazování velkých vzorků ve 3D.
Konfokální mikroskopie a rozpoznávání jednotlivých typů tkání.
Rychlé automatizované snímání velkého množství preparátů.
Základy analýzy trojrozměrných obrazových dat, včetně využití nástrojů strojového učení (machine learning).
Konzultace možností využití fluorescenčních technik ve vlastních studentských projektech.
Návštěva Czech Centre for Phenogenomics a praktické seznámení s jejich fenotypizačními postupy.
Last update: Pačes Jan, RNDr., Ph.D. (08.02.2026)
Learning outcomes -
Course graduate is able to:
explain the principles of fluorescence-based imaging techniques and select an appropriate imaging method with respect to sample type, experimental aim, and required resolution;
perform basic operation of different types of fluorescence microscopes;
work with three-dimensional data and navigate complex tissue structures;
recognize different tissue types based on their morphological and fluorescence characteristics and understand their specific requirements for imaging using various fluorescence microscopy methods;
appropriately use automated imaging in experimental practice;
perform basic analysis of acquired image data and present even complex 3D datasets;
be familiar with standardized phenotyping procedures.
Last update: Pačes Jan, RNDr., Ph.D. (08.02.2026)
Absolvent předmětu dokáže:
vysvětlit principy jednotlivých zobrazovacích technik využívajících fluorescenci a zvolit vhodnou zobrazovací metodu s ohledem na typ vzorku, experimentální cíl a požadované rozlišení;
provádět základní práci s různými typy fluorescenčních mikroskopů;
pracovat s trojrozměrnými daty a orientovat se v komplexních tkáňových strukturách;
rozpoznávat různé typy tkání na základě jejich morfologických a fluorescenčních charakteristik a znát jejich specifika pro zobrazování pomocí jednotlivých metod fluorescenční mikroskopie;
vhodně využívat automatizaci snímání v experimentální praxi;
základně analyzovat nasnímaná obrazová data a prezentovat i komplexní 3D datasety;
orientovat se ve standardizovaných fenotypizačních postupech.
Last update: Pačes Jan, RNDr., Ph.D. (08.02.2026)
Entry requirements - Czech
Zvládnout výuku v anglickém jazyce.
Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (21.02.2018)
