|
|
|
||
|
The lecture is focused (a) on description of molecular structures of biopolymers (proteins and nucleic acids) and their subunits, including conformational polymorphism, polymorphism of sequences, special structures and topology of nucleic acids, (b) properties of biopolymers, which are important for their function, determination of their concentration, isolation, separation, sequencing, denaturation, reassociation, degradation, modification and analysis and (c) basic methods exploited for separation and analysis of biopolymers especially those which are important in connection with genetic engineering - techniques. The lecture is an extension of the lecture "Molecular biology" and complementary to "Genetic engineering".
References: The Biotol team: Analysis of Amino Acids, Proteins and Nucleic Acids. Butterworth and Heinemann Press, 1992 Last update: Fišer Radovan, doc. RNDr., Ph.D. (08.02.2016)
|
|
||
|
Materiály k předmětu budou aktualizovány v prostředí Moodle https://dl2.cuni.cz/
Základní literatura: Voet P. a Voet J.G. (překlad Kotyk et al 1994) Biochemie, nakladatelství AVČR ACADEMIA, Praha (Vybrané kapitoly týkající se NA+proteinů a jejich stavebních jednotek)
Vondrejs et al. Genové inženýrství I. II. III. IV. (Vybrané kapitoly týkající se metod pro separaci a analýzu NA+ proteinů založených na vlastnostech biopolymerů)
Doplňující literatura: Vacík a kol. : Přehled středoškolské chemie SPN 1999 str. 64-106
Zubay et al.: Principles of Biochemistry, (WCB 1995)
Chang: Chemistry (WCB 1998)
Doporučený software: PyMOL http://www.pymol.org/ VMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ Cn3D http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml Ligand Explorer http://www.pdb.org/pdb/explore/viewerLaunch.do?viewerType=LX Jmol http://http://jmol.sourceforge.net/
Last update: Fišer Radovan, doc. RNDr., Ph.D. (08.02.2016)
|
|
||
|
Zkouška se koná formou testu. Každý test se skládá ze tří částí, ve kterých je student zkoušen ze znalosti následujích témat:
1A) Vzorce, názvy a zkratky podjednotek a prekurzorů nukleových kyselin odvozených od majoritních bází (+ pseudouridin, dideoxyNTP). Prostorové uspořádání a vlastnosti těchto struktur, keto-enol, amino-imino tautomery, číslování atomů a značení torzních úhlů, analogy bází, mutabilita, hydratace, vodíkové můstky, Watson-Crickovy páry bází, způsoby záznamu oligonukleotidů.
1B) Kódované aminokyseliny-názvy, třípísmenové zkratky, vzorce disociace a asociace, přibližné hodnoty pKa skupin a jejich názvy, kyselé, bázické neutrální aminokyseliny, polární a nepolární, aromatické, obsahující S, -OH a různé další skupiny. Chiralita, vodíkové můstky a hydratace, peptidická a isopeptidická vazba- mesomerie.
2) Základní pojmy, vzorce a drobné úlohy k řešení okolo struktury a vlastností biopolymerů.
3) Drobné úlohy okolo využití a aplikace metod pro analýzu a separaci biopolymerů. Last update: Fišer Radovan, doc. RNDr., Ph.D. (08.02.2016)
|
|
||
|
1. Struktura a vlastnosti DNA, RNA a jejich stavebních podjednotek, konformační polymorfismus, sekvenční polymorfismus, strukturní anomálie a topologie DNA) 2. Struktura a vlastnosti proteinů a jejich podjednotek 3. Stanovení koncentrace informačních biopolymerů (spektrofotometrie, fluorimetrie a kolorimetrie) 4. Sekvenování DNA, RNA a proteinů 5. Denaturace a reasociační analýza nukleových kyselin, reasociační sondy a matrice (microarrays) 6. Sedimentační analýza biopolymerů, metoda pohyblivého rozhraní, diferenciální, izokinetická a izopyknická centrifugace 7. Elektroforetická analýza a separace biopolymerů včetně pulzní elektroforézy. 8. Elektronová mikroskopie nukleových kyselin 9. Přehled separačních a purifikačních technik 10. Stanovení molární hmotnosti proteinových molekul 11. Hmotová spektrometrie proteinů 12. Metody sledování genové exprese resp. zastoupení různých RNA nebo proteinů v biologických objektech 13. Transkripce a translace in vitro 14. Metody sledování interakcí biopolymerů
Povinná nebo doporučená časová posloupnost s ostatními kursy Po absolvování základního kursu molekulární biologie
Další informace: Doporučuje se využít nabídky speciálního cvičení a praktika z molekulární biologie, které na přednášku navazují
Studijní literatura V.Vondrejs,Z.Storchová: Genové inženýrství I , Nakladatelství Karolinum,Praha2000 D.Voet,J.G.Voet: Biochemie,český překlad .Victoria Publishing, Praha, 1995 The Biotol team: Analysis of Amino Acids, Proteins and Nucleic Acids. Butterworth and Heinemann Press, 1992
Last update: Fišer Radovan, doc. RNDr., Ph.D. (08.02.2016)
|