Practical course essentials in molecular biology I - MB140C71

• Title: Základní praktikum z molekulární biologie
• Czech title: Základní praktikum z molekulární biologie
• Guaranteed by: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2024
• Semester: summer
• E-Credits: 1
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:0/1, C [DS]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: 18
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Level: basic
• Explanation: jednodenní turnusové prakrtikum
• Note: enabled for web enrollment; priority enrollment if the course is part of the study plan
• Guarantor: RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D.
• Teacher(s): Mgr. Martin Kubů; RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D.; Anamika Mishra, M.Sc.; Mgr. Kristýna Netušilová; Mgr. Marharyta Ramanava; Mgr. Kristina Roučová, Ph.D.; Khushboo Sharma, M.Sc.; Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D.
• Class: Ultracentrifuga a 3 rotory; Gradientový PCR cycler
• Incompatibility : MB140C72
• Is incompatible with: MB140C72

Annotation

Cvičení sestává z teoretické, demonstrační a praktické části. Před cvičením je doporučeno absolvovat alespoň jednu z následujících přednášek: Základy molekulární biologie, Molekulární biologie, Biologie buňky, Biochemie, Genetika ale není to podmínkou.

Last update: RNA_CLUB/NATUR.CUNI.CZ (13.01.2011)

Literature

K tomuto praktiku není doporučená literatura. Studenti obdrží protokoly s dalšími informacemi v průběhu praktika.

Last update: Pospíšek Martin, RNDr., Ph.D. (05.04.2012)

Requirements to the exam

Studenti ukončí praktikum vypracováním protokolů a složením zápočtového testu. Více informací, texty, protokoly a presentace jsou pro studenty zapsané do kurzu k dispozici na http://web.natur.cuni.cz/~pospisek

Last update: Pospíšek Martin, RNDr., Ph.D. (05.04.2012)

Syllabus

1) V teoretické části budou stručně diskutovány základní techniky genového inženýrství s důrazem na ty, které budou použity v praktické části:

PCR, sekvenování, analytická elektroforetická separace proteinů a nukleových kyselin, DNA vektory, genomové a cDNA knihovny. Základní molekulárně biologické databáze (NCBI-NIH atd). Krátce i využití těchto metod a databází v lékařské, soudní a biotechnologické praxi. Před detailním popisem metod bude dávána přednost jejich aktualizaci v souladu se současnými znalostmi publikovanými v odborných i laických médiích širokého dosahu. Předpokládá se možnost aktuálních změn v reakci na dotazy a potřeby zúčastněných studentů.

 

2) V demonstrační části budou ukazovány některé náročnější metody diskutované v teoretické části dle aktuálních možností (např. pozorování exprese cizorodých bílkovin v kultuře E.coli - proteinová elektroforéza, sledování fluorescence zeleného fluorescenčního proteinu in vivo).

 

3) V praktické části si každý student vyzkouší mapování DNA restrikčními endonuklázami, polymerasovou řetězovou reakci (PCR), detekci nukleových kyselin pomocí agarosové elektroforézy, srážení nukleových kyselin pomocí alkoholu a solí.

 

Studenti si vyzkouší volně dostupné počítačové programy pro navrhování DNA primerů pro PCR a programy pro klonování in silico a další teoretické úlohy s využitím veřejných mol.biol. databází.

 

Studenti ukončí praktikum vypracováním protokolů a složením zápočtového testu. Více informací, texty, protokoly a presentace jsou pro studenty zapsané do kurzu k dispozici na http://web.natur.cuni.cz/~pospisek

Last update: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (24.08.2017)

Learning outcomes

English

1. Explain the principles of basic methods of molecular biology and genetic engineering, in particular PCR, DNA restriction analysis, electrophoretic separation of nucleic acids and proteins, and their use in research, medical and biotechnological practice.
2. Independently perform selected basic laboratory techniques in molecular biology (e.g., PCR, DNA mapping with restriction endonucleases, agarose electrophoresis, isolation and precipitation of nucleic acids) and comply with the principles of good laboratory practice.
3. They will be able to analyze and interpret experimental results, including the evaluation of electrophoretic records, and process them comprehensibly in the form of a laboratory protocol.
4. They will use basic bioinformatics tools and public databases to analyze PCR primers and solve simple theoretical tasks in molecular biology, such as predicting the use of various restriction endonucleases.

Last update: Mašek Tomáš, RNDr., Ph.D. (14.01.2026)

Czech

1.     Vysvětlí principy základních metod molekulární biologie a genového inženýrství, zejména PCR, restrikční analýzy DNA, elektroforetické separace nukleových kyselin a proteinů, a jejich využití ve výzkumné, lékařské a biotechnologické praxi.
2.   Samostatně provede vybrané základní laboratorní postupy molekulární biologie (např. PCR, mapování DNA restrikčními endonukleázami, agarosovou elektroforézu, izolaci a srážení nukleových kyselin) a dodržuje zásady správné laboratorní praxe.
3.  Dokáže analyzovat a interpretovat experimentální výsledky, včetně vyhodnocení elektroforetických záznamů, a srozumitelně je zpracovat ve formě laboratorního protokolu.
4.  Využívá základní bioinformatické nástroje a veřejné databáze pro analýzu PCR primerů a řešení jednoduchých teoretických úloh v molekulární biologii jako je predikce použití různých restrikčních endonukleáz.

 

Last update: Mašek Tomáš, RNDr., Ph.D. (14.01.2026)