Subjects

The lecture will focus on the structural aspects of biomolecules, namely proteins, lipids, saccharides and nucleic
acids. The course will provide the basics of experimental and computational structural biology methods. Students
will get acquainted with the methods of X-ray crystallography, nuclear magnetic resonance, electron microscopy
and mass spectrometry. Computational methods will include predicting protein structures (homology modelling,
AlphaFold), molecular dynamics simulation, and studying the interaction of small molecules with proteins by
docking methods. Students will also get familiarised with the methods of integrative structural biology. The
applications of the discussed methods will be demonstrated by case studies in selected chapters of cell biology.

Last update: Konrádová Hana, RNDr., Ph.D. (25.04.2022)

Přednáška se zaměří na strukturními aspekty biomolekul a to proteinů, lipidů, sacharidů a nukleových kyselin.
Kurz podá základy metod experimentální a výpočetní strukturní biologie. Posluchači se seznámí s metodami
rentgenové krystalografie, nukleární magnetické rezonance, elektronové mikroskopie a hmotnostní spektrometrie.
Výpočetní metody budou zahrnovat predikci struktur proteinů (homologní modelování, AlphaFold), simulace
molekulové dynamiky a studium interakce malých molekul s proteiny metodami dockingu. Posluchači se také
seznámí s metodami integrační strukturní biologie. Aplikace probíraných metod budou demonstrovány na
vybraných kapitolách buněčné biologie.

Last update: Konrádová Hana, RNDr., Ph.D. (25.04.2022)

Links to current literature will be provided

Last update: Konrádová Hana, RNDr., Ph.D. (27.04.2022)

Doporučená recentní literatura bude k dispozici v průběhu kurzu

Last update: Konrádová Hana, RNDr., Ph.D. (27.04.2022)

Taught in English, if non-Czech speaking students enrol.
1. Structure of biomolecules, structural databases, structure visualization, structure comparison, electrostatics
2. Experimental methods I - X-ray crystallography, nuclear magnetic resonance
3. Experimental methods II - electron microscopy (negative-stain, cryo-EM), mass spectrometry
4. Computational methods I - protein structure prediction, ligand-protein docking
5. Computational methods II - molecular dynamics simulations
Protein complexes, integrative structural biology

Last update: Pleskot Roman, Ing., Ph.D. (29.08.2023)

Pokud bude alespoň jeden nečesky mluvící posluchač, kurz bude přednášen anglicky/Taught in English, if non-Czech speaking students enrol.
1. Struktura biomolekul, strukturní databáze, vizualizace struktury, porovnání struktur, elektrostatika biomolekul / Structure of biomolecules, structural databases, structure visualization, structure comparison, electrostatics
2. Experimentální metody I - rentgenová krystalografie, nukleární magnetická rezonance / Experimental methods I - X-ray crystallography, nuclear magnetic resonance
3. Experimentální metody II - elektronová mikroskopie (negativní barvení, cryo-EM), hmotnostní spektrometrie / Experimental methods II - electron microscopy (negative-stain, cryo-EM), mass spectrometry
4. Výpočetní metody I - predikce struktury proteinů, ligand-protein docking / Computational methods I - protein structure prediction, ligand-protein docking
5. Výpočetní metody II - simulace molekulové dynamiky / Computational methods II - molecular dynamics simulations
6. Studium proteinových komplexů, integrační strukturní biologie - Protein complexes, integrative structural biology

Last update: Pleskot Roman, Ing., Ph.D. (29.08.2023)