The course gives information on the basics of scientific practise in modern experimental biology. It is devoted to students that intend to study experimental biology specializations. The basics of research practise, planning of experiments, methods of their evaluation, principles of laboratory work, guidelines for writing protocols and ethical rules will be described in detail. Participants will be informed about useful techniques of mining in scientific databases and handling with these data as well as about scientific contribution preparation (poster and oral presentations, scientific papers). Practical demonstrations of techniques useful for bachelor and master thesis writing will be strongly emphasized.
Last update: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (02.10.2022)
Kurz seznamuje s praktickými základy vědecké praxe v moderní experimentální biologii. Je určen zejména studentům, kteří hodlají pokračovat ve studiu experimentálních biologických oborů v rámci jejich magisterského studia. Detailně budou probírána základní pravidla vědecké práce, plánování a způsoby hodnocení pokusů, zásady práce v biologické laboratoři, vedení protokolů a etická pravidla vědecké práce. Dále budou účastníci obeznámeni s účelnými postupy vyhledávání ve vědeckých databázích a nakládání s takovými údaji. Prakticky budou demonstrovány postupy přípravy vědeckého sdělení ve formě plakátu, přednášky či článku. Hlavní důraz bude kladen na praktickou demonstraci postupů využitelných při přípravě bakalářské či diplomové práce.
Last update: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (02.10.2022)
Literature -
Texts for all individual lectures of this course are downloadable from http://lhr.ueb.cas.cz/petrasek/MB130P16.htm
Last update: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (02.10.2022)
Literatura a webové odkazy: Texty k jednotlivým přednáškám kurzu je možné najít na http://lhr.ueb.cas.cz/petrasek/B130P16.htm
Last update: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (02.10.2022)
Requirements to the exam -
Credits will be obtained after submission of written exams on the searching, processing and presentation of bibliographic and scientometric data and preparation of the scientific manuscript.
Last update: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (02.10.2022)
Podminkou udeleni zapoctu je vypracovani uloh ze zpracovani bibliografickych dat a ukazkove vedecke publikace.
Last update: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (11.03.2019)
Syllabus -
1 Basics of research work 1.1 The character of scientific work in experimental biology 1.2 Observation and experiment as the two main activities of scientists 1.3 Scientific institutions, organizations, conferences, and social networks Scientific contributions at the seminars and conferences, rules for effective abstract writing 1.4 Ethical rules of scientific work including bad habits in scientific writing 1.5 Financing of the scientific research
2 Handling with experimental data 2.1.Organization of work, type of data 2.2 Data explorers, correct data handling and saving 2.3 Spreadsheets, statistical software, graph editors 2.4 Processing of structural and sequence data 2.5 Image analysis, graphical software, presentation software
3 Scientific literature 3.1 Types of scientific reports and their purpose 3.2 Internet sources of information 3.3 How to search for bibliographic records and full-text articles - good and bad habits 3.3.1 Bibliographic databases accessible at our faculty 3.3.2 Full-text databases accessible at our faculty 3.3.3 Creating your own database of references 3.4 Scientometry - a tool for the evaluation of quality and scientific relevance of scientific work 3.5 Peer review of scientific texts - step-by-step guide through the process
4 Artificial intelligence in experimental biology 4.1 AI in the handling and processing of experimental data 4.2 AI in scientific writing
5 Online information databases in experimental biology 5.1 Databases of sequences 5.2 Specialized sequence databases
6 Scientific writing 6.1 Writing bachelor, master and dissertation thesis 6.2 Writing scientific report/paper - good and bad habits, how to publish in a very good journal 6.3 Writingscientific projects and grant proposals
Last update: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (12.10.2023)
1. Základní pravidla fungování vědecké práce 1.1. Povaha vědecké práce v experimentální biologii 1.2. Pozorování a pokus - základní činnosti experimentátora 1.3. Vědecké instituce a organizace, vědecké konference 1.4. Etické aspekty vědecké činnosti 1.5. Financování vědeckého výzkumu 1.6. Příprava vědeckých projektů a grantů
2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.1. Základní organizace práce, typy dat 2.2. Průzkumníci souborů, správné ukládání dat 2.3. Tabulkové procesory, statistické programy, editory grafů 2.4. Zpracování strukturních a sekvenčních dat 2.5. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy
3. Odborná literatura, její zdroje na internetu a PřFUK 3.1. Typy vědeckých sdělení a periodik 3.2. Internetové zdroje informací 3.3. Účelné vyhledávání a zpracování bibliografických záznamů a článků 3.3.1. Bibliografické databáze přístupné na PřFUK 3.3.2. Plnotextové databáze přístupné na PřFUK 3.3.3. Vytváření osobních databází referencí 3.4. Scientometrie jak orientační nástroj hodnocení kvality vědecké práce
4. Informační databáze a jejich využití v experimentální biologii
5. Prezentace výsledků experimentální práce 5.1. Bakalářská práce 5.3. Disertační práce 5.4. Vědecká sdělení na konferencích a seminářích 5.5. Vědecká publikace
Last update: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (02.10.2022)
