Please note that the field course is usually given in Czech language. In case of major interest of English speaking people, contact the teacher - we can manage to split the groups probably.
A practical course focused on the current methods in phytosociology, plant population biology and ecology (from data sampling to computer analyses).
Last update: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (30.03.2022)
Turnusový terénní kurs zaměřený na soudobé metody fytocenologie a populační biologie rostlin. Naučíte se vše počínaje sběrem dat (fytocenologických snímků, velikostí rostlin a pod.) a konče počítačovým zpracováním při použití různých softwarových programů.
Last update: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (14.09.2018)
Literature -
There are no compulsory books needed for attending. In case of really great interest, you can try reading Scheiner, Gurevitsch: Design and Analysis of Ecological Experiments. Basic knowledge of R is also welcome so the R book or some online sources might come handy.
Last update: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (30.03.2022)
Kurz nevyžaduje žádnou literaturu. Zájemci si mohou přečíst Herben, Münzbergová: Zpracování geobotanických dat v příkladech (2003), Moravec: Fytocenologie (1994) a R-book.
Last update: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (20.09.2022)
Requirements to the exam -
The credit is given for attendance, active work and final presentation.
Last update: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (30.03.2022)
K zápočtu je vyžadována účast na kurzu a podíl na závěrečném zpracování dat a presentaci výsledků.
Last update: Vojta Jaroslav, Mgr., Ph.D. (30.11.2011)
Syllabus -
We teach basic methods of phytosociology and plant population biology, e.g.:
forest relevés and hemispheric photographs for light measurements
phytosociological relevé (Braun-Blanquet scale, head data etc.)
permanent plots, their fixing an finding
Ellenberg indicator values (EIV)
environmental variables (pH půdy, soil depth, soil type and other depending on the study)
plant measurements
biomass measurements and callibration
underground organs measuerments
Last update: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (30.03.2022)
Základní info o kurzu zde: https://botany.natur.cuni.cz/koubek/fytkurz.htm
zakládání trvalých ploch a jejich opětovné dohledání, experimentální ošetření (seč, disturbance apod.)
Ellenbergovy hodnoty
měření parametrů prostředí (pH půdy, hloubka půdy, zrnitost a další metody podle úlohy)
měření rostlin v terénu
sběr a vážení semen, biomasy, kalibrace biomasy
měření parametrů na hlízách rostlin
Last update: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (30.03.2022)
Learning outcomes -
Upon successful completion of this course, the student will be able to, for example (tasks vary slightly each year):
1. Field Methods and Data Collection (Apply)
Record a phytosociological relevé using the Braun-Blanquet and/or percentage cover scales, and accurately record the corresponding header data.
Establish and relocate permanent monitoring plots and individuals in the field.
Measure environmental parameters (e.g., soil pH and soil depth) and estimate the degree of shading through the acquisition and analysis of hemispherical photography.
Collect biomass samples in the field and/or measure plant functional traits.
2. Data Management and Processing (Analyze and Evaluate)
Enter and edit the collected phytosociological data using the Turboveg and Juice database programs.
Analyze the acquired vegetation and environmental data using multivariate statistical methods in the R environment (e.g., the vegan package) or CANOCO.
Evaluate the ecological requirements of the studied plant communities using Ellenberg indicator values.
Demonstrate the ability to calibrate biomass based on field collection and subsequent laboratory weighing of samples.
3. Interpretation and Visualization (Create)
Visualize the spatial distribution of the studied populations or plots using GIS tools (e.g., QGIS).
Interpret the results of statistical analyses and draw conclusions about the impact of the environment or experimental treatments (e.g., disturbance) on the dynamics of vegetation or populations of rare plant species.
Present the results using appropriate graphical tools and answer questions related to the assigned topic.
Last update: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (17.05.2026)
Po úspěšném absolvování tohoto předmětu bude student schopen například (úlohy se každý rok mírně liší) :
1. Terénní metody a sběr dat (Aplikovat)
Zaznamenejte fytocenologický snímek pomocí Braun-Blanquetovy a/nebo procentické stupnice a zapište korektně příslušná hlavičková data.
Založte a v terénu zpětně dohledejte trvalé monitorovací plochy a jedince.
Změřte parametry prostředí (např. pH a hloubku půdy) a odhadněte míru zástinu pomocí pořízení a analýzy hemisférické fotografie.
Odeberte v terénu vzorky biomasy a/nebo změřte funkční vlastnosti rostlin.
2. Správa a zpracování dat (Analyzovat a Hodnotit)
Zapište a upravte nasbíraná fytocenologická data pomocí databázových programů Turboveg a Juice.
Analyzujte získaná vegetační a environmentální data pomocí mnohorozměrných statistických metod v prostředí R (např. balíček vegan) nebo CANOCO.
Prokažte schopnost kalibrovat biomasu na základě terénního sběru a následného vážení vzorků v laboratoři.
3. Interpretace a vizualizace (Vytvořit)
Znázorněte prostorové rozložení zkoumaných populací nebo ploch pomocí nástrojů GIS (např. QGIS).
Interpretujte výsledky statistických analýz a vyvoďte závěry o vlivu prostředí nebo experimentálních zásahů (např. disturbance) na dynamiku vegetace nebo populací vzácných druhů rostlin.
Prezentujte výsledky vhodnými grafickými prostředky a odpovězte na dotazy k zadanému tématu.
Last update: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (17.05.2026)
