|
|
| Files | Comments | Added by | |
 |
Kolarik_Ob_Mykol_Molekularni genetika 2022_1.pdf | Kolarik - Molecular genetics of fungi | doc. Mgr. Miroslav Kolařík, Ph.D. |
|
||
|
Status of Fungi and their position in the Kingdoms of living nature, phylogeny of Fungi. The cell level: biology of the
fungus' cell, the comparative ultrastructure of Fungi, the membrane systems and transport, communication of fungus' cell and environment. The organismal level: fungal thallus, dimorphism and pleomorphism in fungi, dikaryotic fungi, expression of sexuality, sexual and asexual reproduction, conidiogenesis. Physiology of the nutrition, growth and reproduction. Genetics of sexual reproduction, genetic analysis of meiospores sets, parasexual hybridization. Molecular taxonomy and DNA based identification. Genome structure. Moleuclar markers used. Databases. Analysis of environmental samples. Last update: Kolařík Miroslav, doc. Mgr., Ph.D. (30.09.2024)
|
|
||
|
Základní literatura: Alexopoulos C.J., Mims C. W. et Blackwell M. (1996): Introductory mycology. - J. Wiley and Sons, Inc., New York. Beckett A., Heath I. B. & McLaughlin D. J. (1974): An atlas of fungal ultrastructure. - Longman, London. Bennett J.W., Lasure L. L. [edts.](1991): More gene manipulations in fungi. - Academic Press, London. Burnett J. H. (1975): Mycogenetics. - J. Wiley & Sons, London. Esser K. & Lemke P.A. [edts.] (1994-2001): The Mycota I -VIII. - Springer-Verlag, Berlin. Nečas O., Bártek J., Hašek J., Streiblová E. & Viklický V. (1991): Cytoskelet. - Academia , Praha. Weber H. (1993): Allgemeine Mykologie. - G. Fischer Verlag, Jena - Stuttgart.
Last update: SRBA (19.08.2002)
|
|
||
|
KATEDRA BOTANIKY PŘÍRODOVĚDECKÉ FAKULTY UNIVERZITY KARLOVY
Obecná mykologie - přehled otázek
1. Současné názory na klasifikaci a postavení hub a jejich analogů (= houbám 2. Formy vegetativní stélky hub a jejich analogů, vysvětlení pojmů dimorfismus, 3. Způsoby pohlavního rozmnožování u hub a jejich analogů, přehled navození 4. Způsoby nepohlavního rozmnožování u hub a jejich analogů včetně základních 5. Konidiogeneze – základní typy a principy, význam konidiogeneze pro
Jan Holec 6. Co je to alfa, beta a gama diverzita? 7. Jaká jsou specifika studia diverzity hub? Hlavní metodické přístupy ke studiu diverzity hub. 8. Stručně charakterizujte, z jakých úhlů pohledu lze diverzitu hub konkrétního území hodnotit. 9. Jaká základní hlediska musí mykolog brát v potaz, když vstupuje na horkou půdu studia diverzity hub?
Milan Gryndler 10. Jaké jsou typické morfologické charakteristiky houbové stélky a jak se tyto charakteristiky projevují (eko)fyziologicky? . 11. Srovnání růstu vláknitých hub s růstem růst bakterií/jednobuněčných mikroorganismů 12. Co je to mykorhizní symbióza? Popište obecně vlastnosti arbuskuly a haustoria jako specializovaných komunikačních orgánů hub. 13. Jaké formy dusíkaté výživy houby využívají? Požadavky hub na dostupnost kyslíku. 14. Mykoviry – základní informace, potenciál praktického využití 15. Antibiotikum mucidin: původ, význam. Antibiotikum penicilin: původ, význam 16. Elektrofyziologie houbové buňky – elektrické projevy životní aktivity. Co je to vibrující sonda a k čemu ji lze využít? 17. Fyzikální a chemické faktory ovlivňující růst hub. Akumulace těžkých prvků biomasou hub 18. Kvantitativní vlastnosti membránových transportních systémů a jejich význam pro kultivační vlastnosti hub 19. Co jsou to feromony? Charakterizujte obecně jejich funkci v pohlavním systému hub vřeckovýtrusých a stopkovýtrusých
Miroslav Kolařík 20. Jaké jsou modelové druhy u hub. Proč jsou houby ideální modelové organismy. Popiš parasexuální proces u hub. Jaké jsou výhody a nevýhody nepohlavnosti u hub. Jaký je vztah mezi fází buněčného cyklu a velikostí buňky? Co je to aneuploidie? 21. Co je to somatická kompatibilita, jaká je její genetická podstata a co jsou její hlavní důsledky? Co se skrývá pod zkratkou VCG? Co je to heterokaryonová self-inkompatilibilita? 22. „Self- a non-self recognition“ jako základ udržení mezidruhové bariéry. Jaké jsou pre- a postzygotické mechanismy udržení mezidruhové bariéry. Jaké jsou rozdíly mezi homo- a heterogenetickou inkompatibilitou? Jaký je jejich důsledek na genetickou variabilitu potomstva? 23. Popiš genetické pozadí rozmnožování askomycetů. Jak se homotalismus projevuje na genetické variabilitě daného druhu? Co je to pohlavní dimorfismus a jak se u hub projevuje? 24. Popiš genetické pozadí rozmnožování homobasidiomycetů. Jaké jsou modelové houby pro studium pohlavnosti hub? 25. Co je to bipolární a tetrapolární systém určení pohlaví. Co je to inbreading a outbreading. Jaký je vztah mezi inbreedingem a outbreedingem a systémem určení pohlaví. 26. Navrhni postup při hledání teleomorfy neznámého askomycetu rostoucího v čisté kultuře. Jaké jsou jaderné poměry v hyfách hub. Uveď terminologii popisující počet a genetickou příbuznost jader v hyfě. Co je to genetická rekombinace. 27. Popiš stavbu houbového genomu. Jaký je rozptyl velikosti genomu. Jak velký genom mají základní modelové druhy hub. Jaké části genomu jsou konzervativní a jaké nekonzervativní a jaké je jejich použití v mol. taxonomii. Co jsou to postradatelné (dispensable) chromosomy. Jaké jsou hlavní kroky při izolaci DNA? Jak úspěšně dekontaminovat DNA v laboratoři? 28. Popiš repetitivní složku genomu. Detailněji popiš mikrosatelity hub, jak s studují a k čemu se mol. taxonomii používají? 29. Popiš složení rDNA operonu u hub. K jednotlivým úsekům uveď míru rozlišení, které poskytují při mol. tax. studiích. Co je to intragenomový polymorfismus v rDNA? Co označuje termín rDNA paralog? Co označuje termín compensatory base change a jak vypadá sekundární struktura rDNA a k čemu je nám její znalost dobrá? 30. Uveď protein kódující geny používané při fylogenezi hub. Co je to genový paralog, homolog a ortholog a jaké rizika vyplívají z přítomnosti paralogů pro mol. taxonomii. Jaký gen je označen zkratkou TEF1α, TUB2 a RPB2 a jaká je jeho struktura? 31. Co je to nukleotidová sekvenční saturace. Co označuje termín codon usage a jak jej zjišťujeme. Co je to pseudogen (u rRNA a protein-kodujícího gelu) a jak jej lze odhalit? 32. Shrň metody PCR-fingerprintingu používané u hub. Jejich princip a využití v mykologii. Jak lze identifikovat houby pomocí specifických primerů? Popiš metodu RFLP-PCR (tedy RFLP aplikovaná na PCR produkty). 33. Popiš analýzu environmentální DNA (studium diverzity bez potřeby kultivace). Jak se získaná data zpracovávají? 34. V krocích uveď postup při mol. taxonomické analýze hypotetického houbového druhu, kde je nevyjasněná systematická situace. Jaké metody můžeš zvolit? Co je to kryptický druh. 35. Jaké online informační zdroje používáme při studiu mol. taxonomie hub? Jak zjistím tax. identitu dle sekvence. 36. Co je popisuje termín „barcoding hub“. Jaké jsou používané geny pro barcoding u hub? Jak vznikají chiméry při PCR? Co popisuje zkratka MLST a SNP v mol. taxonomii. 37. Jaké jsou příčiny konfliktu ve fylogenetických studiích? Co je to horizontální genový přenos a jak k němu může docházet. Co je to DNA alignment? Co umožnuje internetový vyhledávač podobných sekvencí zkracovaný BLAST?
Ondřej Koukol 38. Význam hub v dekompozici opadu a dřeva v temperátním lese. Jak se houby podílejí na cyklu živin v mrtvé rostlinné hmotě? 39. Endofyti. Jak se posunulo pojetí tohoto termínu od deBaryho? Jakou roli má endofytní fáze v životním cyklu těchto hub (pro houbu, případně i rostlinu)? 40. Nematofágní houby. Evoluce této ekologické skupiny, mechanizmy lapání, význam pro houby. 41. Houby bez saprotrofních schopností. Které taxonomické skupiny (na úrovni třídy nebo řádu) obsahují zástupce bez saprotrofních schopností a obligátně vázané na svého hostitele (symbionta)? Jmenujte alespoň čtyři a stručně popište jejich ekologii.
Adéla Wennrich Čmoková 42. Vyjmenujte pět nejvýznamnějších rodů toxigenních mikromycetů. Jaké toxiny produkuje rod Fusarium a jak se projevuje jejich otrava. 43. Co je to ergotismus, jaké toxiny ho způsobují, jaké houby je produkují. 44. Vyjmenujte a popiš alespoň pět mykotoxikóz. Co jsou to mykoalergie ? 45. Ve kterých potravinách se nejčastěji vyskytují aflatoxiny, jak se projevuje otrava těmito toxiny, kdo je produkuje 46. Podle způsobu biosyntézy dělíme mykotoxiny do těchto kategorií… 47. Jaké metody extrakce jsou využívány pro extrakci mykotoxinů z kapalné fáze 48. Jaké metody extrakce jsou využívány pro extrakci mykotoxinů z pevné fáze 49. Nakreslete blokové schéma kapalinového chromatografu 50. Vysvětlete princip imunoenzymatické reakce (ELISA) 51. Které základní faktory ovlivňují růst mykromycetů a produkci mykotoxinů 52. Vyjmenujte deset nevýznamnějších mykotoxinů – jejich producenty, výskyt a význam.
Zkouška je písemná, 10 (napříč všemi bloky) otázek vybere přednášející, za každou otázku je maximálně 5 bodů 41 - 34 bodů - klasifikace velmi dobře 33 - 26 bodů - klasifikace dobře 25 a méně - neprospěl L Last update: Kolařík Miroslav, doc. Mgr., Ph.D. (30.09.2024)
|
|
||
|
KATEDRA BOTANIKY PŘÍRODOVĚDECKÉ FAKULTY UK Benátská 2, 128 01 Praha 2, e-mail: mkolarik@biomed.cas.cz, tel. 777880129
OBECNÁ MYKOLOGIE (kód MB120P46, 4 kredity) Rozvrh lekcí pro zimní semestr šk. roku 2022/23
Kde? Kolokvium OŽP, Benátská 2 (učebna vedle vrátnice) Kdy? čtvrtek 12:20 - 14:35 Kdo? Miroslav Kolařík (katedra botaniky Přf UK/MBÚ AVČR) Milan Gryndler (UJEP Ústí nad Labem) Ondřej Koukol (katedra botaniky Přf UK) Františe Sklenář (katedra botaniky Přf UK/MBÚ AVČR) Jan Holec (Národní Muzeum v Praze) Adéla Wenrich Čmoková (MBÚ AVČR), Jean Peer Wennrich
GENETIKA HUB 1. Houby jako modelové organismy. Genetické aspekty sexuální reprodukce u hub. 2. Genetické aspekty asexuální reprodukce u hub. Indukce sporulace. Parasexuální hybridizace. 2. lekce (Kolařík) čtvrtek 3.10 3. Stavba houbového genomu. Průtoková cytometrie u hub. 3. lekce (Kolařík) čtvrtek 10.10 5. DNA sekvence, jejich zpracování a práce s databázemi. PCR fingerprinting. Analýza environmentálních vzorků. 4. lekce (Kolařík) čtvrtek 17.10 6. Příklady využití v taxonomii a populační genetice. Definice druhu. Studium speciace a vymezení druhové hranice u hub. Využití mol. metod při studiu diverzity hub. 5. lekce (Kolařík) čtvrtek 24. 10. ¨ ÚVOD A ORGANIZMÁLNÍ ÚROVEŇ 1. Názory na klasifikaci a postavení hub s.l. v říších živých organizmů. 2. Nepohlavní rozmnožování a struktury s ním spojené, základní typy konidiogeneze. 1. lekce (Sklenář) čtvrtek 31.10
FYZIOLOGIE HUB 1. Úvod, příjem živin a fyziologie výživy, transport, houby a těžké kovy. Fyziologie růstu a rozmnožování. 6. lekce (Gryndler) čtvrtek 7.11 2. Vliv fyzikálních a chemických vlastností prostředí na houbový organizmus. Komunikace a přenos informací mezi houbovou buňkou a vnějším prostředím.
SEKUNDÁRNÍ METABOLISMUS – BIOLOGICKY AKTIVNÍ LÁTKY 1. Mykotoxiny - výskyt a význam, základní typy onemocnění. Rozdělení dle způsobu biosyntézy. Mykotoxiny a jejich koncentrace v potravinách. Faktory růstu a produkce. 2 Přehled základních mykotoxinů: struktura, výskyt, význam, limity, toxicita, stabilita 8. lekce (Flieger) čtvrtek 21.11. 3 Metodická průprava. Extrakci, purifikaci, separaci a detekci. TLC, HPLC, MS, NMR. Identifikace neznámých látek. 9. lekce (Flieger) čtvrtek 28.11.
BIODIVERZITA HUB 1. Biodiverzita hub v ČR, Evropě a ve světě, metody studia biodiverzity hub. 2. Počty druhů hub v různých ekosystémech a v různých částech světa. 3. Faktory ovlivňující biodiverzitu hub na nejrůznějších úrovních s příklady z některých dobře prozkoumaných skupin hub. 10. lekce (Holec) čtvrtek 5.12
EKOLOGIE HUB 1. Dekompozice opadu, půda. Typy rozkladu dřeva. Koprofilní, keratinofilní a anthrakofilní houby. Houby v horninách a nerostech, zvětrávání. Houby ve vodním prostředí. 11. lekce (Koukol) čtvrtek 12.12 2. Endofyti a další symbiózy s rostlinami. Trofické interakce hub s bakteriemi, protisty, bezobratlými a obratlovci. Nematofágní houby a houby asociované s hmyzem. Kompetice hub. 12. lekce (Koukol) čtvrtek 19.12.2024
Last update: Kolařík Miroslav, doc. Mgr., Ph.D. (30.09.2024)
|