Last update: prof. RNDr. Jiří Neustupa, Ph.D. (12.02.2024)
Níže následuje informační email pro studenty zapsané ke kurzu v letním semestru 2024:
Vážení a milí studenti a studentky,
chci vám všem poděkovat za to, že jste si zapsali předmět "Geometrická morfometrika". V následujícím emailu chci popsat plán tohoto kurzu pro nadcházející semestr.
Geometrická morfometrika je netriviální oblastí lidského počínání a ani zvenčí nemusí každému připadat jako snadno přístupný a banálně excitující předmět. V současné biologii ale představuje možná nejživější větev studia živých tvarů, jejich proměn a variability. Určitě tedy stojí za pozornost i úsilí - a to jí právě můžeme věnovat v rámci našeho kurzu!
Faktem je, že předmět se může konat, když je zapsáno alespoň pět lidí - a nyní je vás zapsaných právě šest. Kdyby se tedy někdo chtěl ze SISu škrtnout, nechť to dobře zváží, a případně tak učiní rychle.
Kurz má část teoretickou a praktickou. Teoretická část by měla podle rozsahu předmětu pojmout zhruba šest přednášek. Část praktická pak cca jeden turnusový den společné práce s reálnými daty. Přednášky se započnou v dubnu, konkrétně 10.4., a budou pak probíhat vždy ve středu od 12:20 do 13:50, a to v Kolokviu v Benátské 2 (přízemí vedle vrátnice). (Začínáme až takhle v polovině semestru proto, že předtím přednáším ve stejnou dobu ještě jiný předmět.)
Na konci semestru, tedy cca v polovině května, uspořádáme v jednom dni, na němž se pokud možno společně dohodneme, praktickou část. K té bude třeba mít notebooky a několik snadno instalovatelných programů k jednotlivým analýzám.
Teoretická část bude založena na společném studiu několika textů, které nás uvedou do geometrické morfometriky od jejích počátků historických i konceptuálních až po některé významné novinky geometricko-morfometrického korpusu, jež byly formulovány a publikovány v posledních letech. Společné čtení, analýza a komentování odborného textu není v biologii úplně nejčastější formou výuky. V teoretické biologii, kam geometrická morfometrika tak či onak patří (a o to více v humanitních oborech), je to ovšem docela běžná a navíc i poměrně účinná metoda, jak se společně něco naučit a nezapomenout.
Předpokládám, že začneme relativně novým a dobře srozumitelným textem Philipa Mitteroeckera a Katrin Schäfer ("Thirty years of geometric morphometrics: Achievements, challenges, and the ongoing quest for
biological meaningfulness", 2022) a shrnujícím článkem Normana MacLeoda ("Morphometrics: History, development methods and prospects", 2017). Pak (snad) navážeme některými úseky ze dvou knih Freda Booksteina ("Measuring and Reasoning; Numerical Inference in the Sciences, 2014; a "A Course in Morphometrics for Biologists", 2018).
Bude-li se to zdát vhodné, doplníme program částmi některých dalších studií.
PDFka všech textů pošlu po uzavření SISu na konci února; budeme je ale mít k dispozici i vytištěné.
Cílem této teoretické části bude připravit se na část praktickou, při níž bychom si měli na vlastních, modelových datech vyzkoušet některé analýzy, které se často používají v různých typech studií.
Posílám všem pozdravy a těším se v dubnu na viděnou!
Jirka N.
