Evolutionary plant cytogenomics - MB120P131

• Title: Evoluční cytogenomika rostlin
• Czech title: Evoluční cytogenomika rostlin
• Guaranteed by: Department of Botany (31-120)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2011
• Semester: winter
• E-Credits: 3
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:2/0, Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: doc. Mgr. Martin A. Lysák, Ph.D.
• Teacher(s): doc. Mgr. Martin A. Lysák, Ph.D.; RNDr. Terezie Mandáková, Ph.D.

Annotation

English

Students will gain basic information on the karyotype structure and evolution in plants, on mechanisms of
chromosome rearrangements and their evolutionary role. An overview of classical and modern cytogenetic
methods used in (karyo)systematics is included. The lectures are followed by a practical course of molecular
cytogenetic techniques.

Last update: Kubátová Alena, RNDr., CSc. (12.04.2011)

Czech

Posluchači získají základní informace o struktuře a evoluci karyotypu rostlin, mechanismech chromozomových
přestaveb a jejich roli v evoluci rostlin. Součástí kursu je přehled klasických a moderních cytogenetických metod
používaných v (karyo)systematice rostlin. Na přednášku navazuje praktické cvičení.

Last update: Kubátová Alena, RNDr., CSc. (12.04.2011)

Literature

Levin DA ( 2002) The role of chromosomal change in plant evolution.Oxford University Press. Oxford. New York, pp.230.

Brown TA (2007) Genomes 3. GS Garland Science. New York. London. pp. 713.

Schwarzacher T, Heslop-Harrison P (2000) Practical in situ hybridization. BIOS Scientific Publishers Limited.Oxford. pp.203.

Další literatura (shrnující články v AJ) budou studentům zpřístupněny vždy na začátku kurzu.

Last update: Kubátová Alena, RNDr., CSc. (26.04.2012)

Requirements to the exam

písemný test v rámci navazujícího praktického cvičení

Last update: Lysák Martin A., doc. Mgr., Ph.D. (11.01.2012)

Syllabus

English

1. Karyosystematics: history and the present. Phylogenomics.

2. Chromatin (eu- and heterochromatin, repetitive DNA, epigenetic DNA modifications). Chromosome structure (centromere, telomere, ribosomal DNA). Chromosome types (B chromosomes, sex chromosomes, holokinetic chromosomes).

3. Genome and karyotype. Comparative cytogenomics (genome and chromosome colinearity). Mechanisms of chromosome rearrangements. Primary and secondary chromosome rearrangements (e.g., inversions, reciprocal translocations, duplication/deletion).

4. Ploidy mutations (aneuploidy and polyploidy). Whole-genome duplications (polyploidy) of different evolutionary age. Diploidization.

5. Karyotypic changes and variation in the phylogenetic context: evolutionary trends?

6. The role of chromosome rearrangements in the evolution.

7. Classical and modern cytogenetic methods for biosystematicists (and not only for them).

Last update: Kubátová Alena, RNDr., CSc. (12.04.2011)

Czech

1. Karyosystematika: historie a současnost. Fylogenomika.

2. Chromatin (mj. eu- a heterochromatin, repetitivní DNA, epigenetické modifikace DNA). Struktura chromozomu (centromera, telomery, ribozomální DNA). Typy chromozomů (B chromozomy, pohlavní chromozomy, holokinetické chromozomy).

3. Genom a karyotyp. Srovnávací cytogenomika (genomová a chromozomová kolinearita). Mechanismus chromozomových přestaveb. Primární a sekundární chromozomové přestavby (např. inverze, reciproká translokace, duplikace/delece).

4. Ploidní mutace (aneuploidie a polyploidie). Celogenomové duplikace (polyploidie) různého evolučního stáří. Diploidizace.

5. Proměny karyotypu ve fylogenetickém kontextu: evoluční trendy?

6. Role chromozomových přestaveb v evoluci rostlin.

7. Klasické a moderní cytogenetické metody pro biosystematiky (a nejen pro ně).

Last update: Kubátová Alena, RNDr., CSc. (12.04.2011)