* 1st day - introduction, methods of study of DNA, differences among molecular markers - DNA extraction from plant material (CTAB method, commercial kit) - fresh and dried material - electrophoresis, making agarose minigels, use of DNA ladders - working with documentation system Kodak Gel Logic 100 - determining of DNA concentration using UV spectrophotometer (Nanodrop), DNA dilution * 2nd day - PCR amplification, making PCR premix, methods of PCR optimization - working with diverse termocyclers - making new PCR programs, use of gradient block for PCR optimization - PCR method - optimization using gradient block - electrophoresis of PCR bands and their visualization - working with the software for gel analysis (KODAK 1D Image Analysis Software) - estimation of the lengths of PCR bands * 3rd day (PCR-RFLP) - PCR amplification using optimal annealing temperature - restriction of PCR bands with restriction endonucleases
* 4th day - dominant molecular markers and data evaluation - theory - analysis of test gels, preparing binary data matrix - evaluation of the data - FAMD software - diversity calculation, PCoA, trees, networks, AMOVA - FAMD, AFLPdat, SplitsTree * 5th day - continue with data analysis - Bayesian model-based approach - STRUCTURE software - visualization of the STRUCTURE results - Structure-sum, Distruct
Last update: Štefánek Michal, Mgr. (04.05.2022)
* 1. den - úvod do problematiky, metody studia DNA, rozdíly mezi jednotlivými typy markerů - extrakce DNA z rostlinného materiálu (CTAB metoda, komerční kit) - čerstvý i vysušený materiál - elektroforéza, příprava agarosových minigelů, použití DNA ladderů (žebříčků) - práce s dokumentačním systémem Kodak Gel Logic 100 - stanovení koncentrace extrahované DNA pomocí UV spektrofotometru (Nanodrop), ředění DNA * 2. den - PCR amplifikace, příprava směsi pro reakci, metody optimalizace reakčních podmínek - zacházením s různými typy termocyclerů - vytváření nových programů, využití gradientového bloku pro optimalizaci PCR reakce - metoda PCR - optimalizace PCR amplifikace pomocí gradientového bloku - elektroforéza získaných PCR produktů a jejich visualizace - práce se softwarem pro analýzu gelů (KODAK 1D Image Analysis Software) - stanovení přibližné délky získaných PCR produktů * 3. den - PCR amplifikace s použitím optimální teploty annealingu - štěpení získaných PCR produktů několika restrikčními enzymy, elektroforéza výsledku štěpení DNA * 4. den - dominantní molekulární markery a jejich vyhodnocování - teorie - analýza cvičných gelů, získávání matice dat - hodnocení binární matice - program FAMD - výpočty diverzity, PCoA, stromy, sítě, AMOVA - FAMD, AFLPdat, SplitsTree
* 5. den - pokračování analýzy cvičných dat - Bayesovský modelový přístup - program STRUCTURE - vizualizace výsledků STRUCTURE analýzy - Structure-sum, Distruct
Last update: Štefánek Michal, Mgr. (04.05.2022)
|