A course focused on the analysis of data obtained by the DNA metabarcoding method (Illumina amplicon sequencing) - from the quality analyses to obtaining abundance tables of individual taxa. The course will consist of both a theoretical and a practical part, where participants will learn how to analyze data using a wide range of bioinformatics tools. The data analysis pipeline will be based on Báilint tools ( https://doi.org/10.1002/ece3.1107 ), and will include quality filtering (FastQC, perl scripts), paired-end assembly (PANDAseq), demultiplexing (fqgrep) clustering ( swarm), chimera detection (usearch), automatic blast (SEED2) and phylogenetic delimitation of taxa (IQtree).
The course is given only in Czech for a better understanding of the methodologies.
Last update: Škaloud Pavel, doc. Mgr., Ph.D. (17.07.2024)
Turnusový kurz zaměřený na analýzu dat získaných metodou DNA metabarcoding (Illumina amplicon sequencing) - od analýzy kvality readů po vytvoření tabulek abundancí jednotlivých taxonů. Kurz bude sestávat jak z teoretické, tak praktické části, kde se účastníci naučí jak analyzovat vlastní či dodaná data pomocí široké škály bioinformatických nástrojů. Proces analýzy dat bude vycházet z nástrojů Báilint pipeline (
https://doi.org/10.1002/ece3.1107), a bude obsahovat analýzu kvality readů (FastQC, perl skripty), paired-end assembly (PANDAseq), demultiplexing (fqgrep), clustering (swarm), detekci chimér (usearch), automatický blast (SEED2) a fylogenetické vymezení taxonů (IQtree). Výuka probíhá turnusově mimo prostory fakulty na terénní stanici ve Velemíně a není požadována finanční spoluúčast studentů na ubytovacích nákladech. Požadavky pro splnění zápočtu: aktivní účast na kurzu.
Last update: Škaloud Pavel, doc. Mgr., Ph.D. (17.07.2024)
