Introduction to applied Bioinformatics - GF332

• Title: Základy praktické bioinformatiky
• Guaranteed by: Department of Biochemical Sciences (16-16160)
• Faculty: Faculty of Pharmacy in Hradec Králové
• Actual: from 2021
• Semester: summer
• Points: 0
• E-Credits: 2
• Examination process: summer s.:written
• Hours per week, examination: summer s.:0/28, C+Ex [HS]
• Capacity: unknown / unknown (30)
• Min. number of students: unlimited
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Note: deregister from the exam date if a requisite was not fulfilled; course can be enrolled in outside the study plan; enabled for web enrollment
• Guarantor: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D.
• Comes under: 3.ročník 2023/24-Farmacie
• Co-requisite : GF370

Annotation

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (27.09.2021)

Bioinformatika je mezioborová disciplína zabývající se ukládáním, tříděním, analýzou a interpretací souborů biologických dat. V rámci předmětu Základy praktické bioinformatiky se studenti dozvědí o možnostech využití dostupných bioinformatických databází a programů. Prakticky se studenti naučí vyhledávat informace a sekvenční data a seznámí se s možnostmi jejich využití. Tento předmět je založen hlavně na praktické práci u počítače a samostatném vyzkoušení různých webových aplikací. Probíraná témata zahrnují: vyhledávání literatury, databáze proteinových a nukleotidových sekvencí, porovnávání sekvencí a analýza jejich vlastností, hledání podobných sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů, specializované databáze atd.

Course completion requirements

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (27.09.2021)

Získání zápočtu je podmíněno docházkou (alespoň 80%), zpracováním a odevzdáním všech krátkých cvičení probíraných na seminářích (odevzdání prostřednictvím Moodle).

Zkouška probíhá písemně u počítačů zpracováním zadaného souboru úkolů (s možností využít všech dostupných materiálů).

Literature

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (04.10.2021)

Doporučená:

• Cvrčková, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 148 s. ISBN 80-200-1360-1.
• Claverie, Jean-Michel Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. Indianopolis: John Wiley, 2003, 452 s. ISBN 0-7645-1696-5.

Volitelná:

• Zvelebil, Marketa J. Baum, Jeremy O.. Understanding bioinformatics. New York: Garland Science, Group, 2008, 772 s. ISBN 978-0-8153-4024-9.
• Hu, Xiaohua, Pan, Yi, (eds.). Knowledge discovery in bioinformatics techniques, methods, and applications. Hoboken, N.J.: Wiley-Interscience, 2007, 363 s. ISBN 978-0-470-12464-2.
• Dziuda, Darius M.. Data mining for genomics and proteomics : analysis of gene and protein expression data. Hoboken: Wiley, 2010, 319 s. ISBN 978-0-470-16373-3.

Syllabus

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (27.09.2021)

1. Možnosti vyhledávání dostupné literatury

• UKAŽ, Pubmed, Web of Science, Scopus
• citační programy (Web EndNote, EndNote, Mendeley)
• impakt faktor, H-index, predátorské časopisy

2.-4. Proteiny

• proteinové databáze a vyhledávání sekvencí
• formáty sekvencí a manipulace se sekvencemi
• vlastnosti sekvencí, predikce domén a transmembránových úseků
• porovnávání sekvencí, párové, mnohonásobné, vyhledání podobných sekvencí (BLAST), konstrukce fylogenetických stromů

5.-9. Nukleové kyseliny

• databáze DNA sekvencí
• analýza nukleotidové sekvence, vyhledání polymorfismů, restrikční analýza, klonování in silico
• návrh primerů pro různé aplikace (qPCR, mutageneze)
• hledání a identifikace genů, analýza „neznámých“ sekvencí, identifikace otevřeného čtecího rámce 

10. Genomové projekty - přístup k databázím, vyhledávání podobných genů

11. mikroRNA databáze - vyhledávání sekvencí, vyhledávání cílových genů

12. Specializované databáze - Expression Atlas, Enzyme apod.

Entry requirements

Last update: Ing. Josef Marek (30.01.2018)

Zkouška z molekulární biologie

Learning resources

Last update: Ing. Josef Marek (30.01.2018)

Moodle kurz: https://dl1.cuni.cz/course/view.php?id=5146

Teaching methods

Last update: Ing. Josef Marek (30.01.2018)

Výuka probíhá v počítačové učebně; každý seminář je zahájen krátkou přednáškou uvádějící do konkrétní problematiky, následovanou praktickými ukázkami a procvičováním.

Requirements to the exam

Last update: Ing. Josef Marek (30.01.2018)

Zvládnutí praktických úkolů (na počítači) dle zadání (s možností využití všech dostupných materiálů).