Proteomics - GB243

• Title: Proteomika
• Guaranteed by: Department of Analytical Chemistry (16-16140)
• Faculty: Faculty of Pharmacy in Hradec Králové
• Actual: from 2022
• Semester: summer
• Points: 0
• E-Credits: 2
• Examination process: summer s.:written
• Hours per week, examination: summer s.:14/14, C+Ex [HS]
• Capacity: unknown / unknown (unknown)
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: not taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Explanation: (ZB 1.r.navaz.)
• Note: course can be enrolled in outside the study plan; enabled for web enrollment
• Guarantor: doc. PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D.

Annotation

English

The course Proteomics focuses on classical and advanced methods of protein analysis and their application to various scientific and clinical disciplines. During the lectures and seminars, students will get acquainted with protein analysis principles, including sample preparation and data evaluation. In practical exercises, students will try all the main steps of a proteomic experiment, i.e., basic sample preparation, its analysis using liquid chromatography online hyphenated to mass spectrometry, and evaluation of the recorded data using bioinformatics tools.

Last update: Lenčo Juraj, doc. PharmDr., Ph.D. (18.01.2022)

Czech

Předmět proteomika je zaměřený na klasické a pokročilé metody analýzy proteinů a jejich aplikace do různých vědeckých a klinických odvětví. V rámci přednášek a seminářů se studenti seznámí s principy analýzy proteinů včetně přípravy vzorků a vyhodnocování získaných dat. Součástí předmětu jsou praktická cvičení, kde si studenti vyzkouší všechny kroky proteomického experimentu, tzn. základní přípravu vzorku, jejich analýzu pomocí kapalinové chromatografie online spojené s hmotnostní spektrometrií a vyhodnocení naměřených dat pomocí bioinformatických nástrojů.

Last update: Lenčo Juraj, doc. PharmDr., Ph.D. (18.01.2022)

Course completion requirements

Předmět proteomika je zakončen zkouškou, která má písemnou a ústní část. Ke zkoušce se může zapsat pouze student se zápočtem. Zápočet je udělen za 100% účast na seminářích a prakticích.

Last update: Lenčo Juraj, doc. PharmDr., Ph.D. (18.01.2022)

Literature

Doporučená:

• Aebersold R., Mann M.. Plasma Proteome Profiling to Assess Human Health and Disease. In Nature. 53 (2016): 347-355.
• Tyers M., Mann M.. From genomics to proteomics. In Nature. 42 (2003): 193-197.
• Geiger T., Wehner A., Schaab C., Cox J., Mann M.. Mass spectrometry in high-throughput proteomics: Ready for the big time. In Molecular and Cellular Proteomics. 11 (2012): -.
• Geyer P.E., Kulak N.A., Pichler G., Holdt L.M., Teupser D., Mann M.. Plasma Proteome Profiling to Assess Human Health and Disease. In Cell Systems. 2 (2016): 185-195.

Last update: prepocet_literatura.php (19.09.2024)

Syllabus

Přednášky:

1.       Úvod do proteomiky

2.       Separační metody používané v proteomice

3.       Hmotnostní spektrometrie v proteomice

4.       Interpretace hmotnostních spekter biomolekul

5.       Kvantitativní proteomická analýza

6.       Farmakoproteomika, možné uplatnění proteomiky v klinické praxi, HUPO projekt

7.       Bioinformatické nástroje v proteomice

 

Semináře a praktická cvičení:

Strategie přípravy biologického vzorku pro proteomovou analýzu 

Štěpení proteinů v roztoku, příprava vzorků LC-MS analýzy a LC-MS analýza

Práce s internetovými databázemi, bioinformatika, interpretace MS/MS spekter a identifikace proteinů

Last update: Lenčo Juraj, doc. PharmDr., Ph.D. (18.01.2022)