SubjectsSubjects(version: 964)
Course, academic year 2024/2025
   Login via CAS
Advanced techniques in microbiology - FV138
Title: Pokročilé techniky v mikrobiologii
Guaranteed by: Department of Clinical Microbiology (15-560)
Faculty: Faculty of Medicine in Hradec Králové
Actual: from 2023
Semester: summer
Points: 0
E-Credits: 1
Examination process: summer s.:
Hours per week, examination: summer s.:9/6, C [HS]
Capacity: 12
Min. number of students: 5
4EU+: no
Virtual mobility / capacity: no
Key competences:  
State of the course: taught
Language: Czech
Teaching methods: full-time
Level:  
Note: course can be enrolled in outside the study plan
Guarantor: doc. MUDr. Miroslav Fajfr, Ph.D.
Comes under: Volitelné předěmty CZ
Volitelné předměty CZ
Pre-requisite : {Malá skupina pro FV038}
Incompatibility : FA0105111, FG50026
Interchangeability : FG50026
Annotation
V mikrobiologické laboratoři se pro rutinní i výzkumnou práci již běžně používají molekulárně biologické metody. Jedná se zejména o polymerázovou řetězovou reakci (PCR) a její modifikace. Běžně se tedy používají PCR nebo nested, event. semi-nested PCR s následnou detekcí vzniklých produktů pomocí gelové elektroforézy, real-time PCR s využitím nespecifických interkalačních barev (SYBRGreen, EVAGreen atd.) nebo specifických sond (hydrolytické, hybridizační sondy a další). Své zastoupení mohou mít také rychlé metody jako LAMP. V předmětu se studenti s těmito metodami seznámí jak po teoretické, tak po praktické stránce. Bude probráno zařazení molekulárně biologických metod do jednotlivých oblastí mikrobiologické diagnostiky (virologie, bakteriologie, mykologie a parazitologie), kdy se rovněž zmíní výhody a nevýhody těchto metod. Studenti se seznámí se strategiemi a technikami izolace nukleových kyselin (DNA a RNA), problematikou reverzní transkripce, teoreticky se probere PCR, nested PCR a real-time PCR. V neposlední řadě se zaměříme také na metody sekvenování jako sekvenace podle Sangera nebo masivní paralelní sekvenování (MPS) neboli sekvenování nové generace (NGS), kdy budou zmíněny výhody a nevýhody obou metod. Dotkneme se i otázky studia mikrobiomu. Poslední částí předmětu bude hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF, která se v posledních 5-10 letech stala rovněž nedílnou součástí rutinní diagnostiky v bakteriologii a mykologii. V teoretickém úvodu budou studenti seznámeni s principy metody a jejím využití v identifikaci mikroorganizmů v mikrobiologii a v základech i možnosti této metody ve výzkumu v oblasti mikrobiologie. V prvním praktickém cvičení si studenti vyzkouší izolaci nukleových kyselin a provedou PCR reakce s následnou detekcí produktů pomocí gelové elektroforézy. Ve druhém praktickém cvičení si poté studenti vyzkouší práci s MALDI-TOF při identifikaci různých bakterií.
Last update: Dyntarová Eva (26.01.2024)
Literature

Recommended literature:

  1. Goering R, et al. Mims' Medical Microbiology and Immunology, 6th Ed., Elsevier, 2018.
  2. Greenwood D. Medical Microbiology, 18th Ed., Elsevier, 2012.
Last update: Dyntarová Eva (26.01.2024)
Requirements to the exam

Credit:

  1. nutná plná účast (nepřítomnost není povolena)
Last update: Dyntarová Eva (08.02.2024)
Syllabus
  • Seminář 1 – Polymerázová řetězová reakce a její modifikace (3 h) – Polymerázová řetězová reakce a její modifikace
  • Seminář 2 – Sekvenování (3 h) - studenti se teoreticky seznámí s principem sekvenace dle Sangera a NGS, budou seznámeni s jejich výhodami a nevýhodami a možnostmi využití v mikrobiologické diagnostice a výzkumu
  • Seminář 3 – MALDI-TOF a její aplikace v mikrobiologii (3 h) - studenti se teoreticky seznámí s principem a metodou MALDI-TOF, jejím využitím ve výzkumu a rutinní práci v mikrobiologii
  • Praktické cvičení 1 – PCR – praktické provedení izolace nukleové kyseliny a klasické PCR s detekcí produktu na gelu, vyhodnocení a porovnání výsledků standardní a real-time PCR (3-4 h)
  • Praktické cvičení 2 – MALDI TOF – praktické provedení identifikace kultur na přístroji (3 h)

 Vyučující:

  •    MUDr. Miroslav Fajfr, Ph.D.
  •    Mgr. Radka Bolehovská, Ph.D.
  •    Mgr. Rudolf Kukla, Ph.D. 
  •    Mgr. Radek Sleha, Ph.D.
Last update: Dyntarová Eva (26.01.2024)
 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html