|
|
|
||
Last update: Marcela Holanová (14.11.2017)
|
|
||
Last update: Marcela Holanová (19.01.2021)
1. Úvod do Integrativní systémové biologie. Úvodní seminář ukazuje přehled základních informatických nástrojů umožňujících textové vyhledávání, porovnávání a charakterizaci biomedicínských poznatků a dat. Presentuje moderní modelové systémy a jejich propojení do jedné celistvé bioinformatiky. Ukazuje stav vývoje v konkrétních modelových organismech a jejich propojení s biologií člověka s moderním lékařstvím. Bližší presentace modelu C. elegans a jeho významu pro chápání regulace buněčné specifikace a celistvého biologického pohledu. Praktická část: Vyhledání dat ve Wormbase Vytvoření vlastního názoru na gen, jeho expresi a funkci u daného organismu. 2. Nástroje moderní informatiky. V tomto semináři se pomocí informatických nástrojů podíváme do velkého množství dat budeme se zabývat jejich významem, hledat shody dat, rozdíly v publikovaných výsledcích, budeme detekovat diskrepance a konflikty v dostupných biomedicínských údajích. Praktická část: Rychlá orientace v textových vyhledávačích PubMed Vytvoření vlastní rešerše na dané aktuální téma Použití informatických nástrojů umožňujících automatické rešerše Vypracování literární rešerše a napsání souhrnného textu. 3. Evoluční koncept biologie. Koncept, který umožňuje sjednocující pohled na struktury a funkce biologických procesů. Příbuznost genů a proteinů Fylogeneze a kladistika Zachovalé regulační cesty a mechanismy Praktická část: Vytvoření kladogramů a fylogramů Nalezení podobnosti proteinů a zachovalých struktur. 4. Systémový pohled na regulační sítě a/ regulace genové exprese Mechanismy regulace transkripce. Transkripční faktory, mechanismy aktivace a represe genové exprese. Konvergentní mechanismy promítající různorodé stimuly ke konkrétním genům a jejich transkripční regulaci a divergentní mechanismy zajišťující specifikaci regulace. Regulace hormony a hormonálně aktivními látkami cestou jaderných receptorů. Problematika regulace lipofilními hormony ze skupiny zahrnující steroidní hormony, thyroidní hormon, retinoidy a další lipofilní látky s hormonálním účinkem. Vztahy uplatňující se v regulaci vývoje organismu a u nádorů, vedlejší účinky hormonální a antihormonální léčby, osteoporosa a možnosti jejího ovlivnění. Praktická část: Analýza promoterů a regulačních sítí Identifikace proteinových fyzikálních a funkčních interakcí (transkripční faktory a kofaktory. 5. Systémový pohled na regulační sítě b/ buněčná signalizace zaostřeno na insulinový receptor, diabetes a metabolický syndrom. V tomto semináři si ukážeme, že lékařsky velmi důležitý a komplikovaný syndrom představuje mimořádně zajímavou tématiku u které je velmi atraktivní nejen možná léčba ale také velmi efektivní prevence navazujících komplikací. Praktická část: Vyhledání regulační sítě insulinového receptoru a jaderných receptorů. Identifikace pravděpodobných funkcí určitého aktuálního proteinu a spojení do konvergentních regulačních drah. 6. Systémový pohled na regulační sítě c/ posttranskripční regulace genové exprese. RNA interference a malé regulační RNA molekuly. Praktická část: Vyhledání literárního zdroje identifikujícího regulaci na posttrankripční úrovni a jeho kritická analýza. 7. Systémová biologie organel. Strukturně funkční vztahy. Jak potřeby organismu a buněčný stres regulují buněčnou funkci. Praktická část: Vyhledávání hypotetických funkcí konkrétních proteinů ve funkčních databázích s ohledem na pravděpodobnou regulační cestu a funkční strukturu. 8. Integrativní patologie Informatika v patologii Databáze spojující patologii a klinická data Kategorizace dat a pojmů Gene ontology, UniGene, expresní a další databáze patologických stavů Kategorizace regulačních cest a mechanismů Mezinárodní klasifikace nemocí Praktická část: Pohled do databází nemocí a spojení s databázemi obecného charakteru. 9. Systémová integrativní onkologie, regulační sítě nádorové biologie. Informatický systém klasifikace nádorů a nová data biologie nádorů. Nové diagnostické a klasifikační možnosti. Praktická část: Vyhledání literárního zdroje pro konkrétní zadanou otázku a následná informatická analýza. 10. Systémová biologie stárnutí. Stárnutí organismu je geneticky regulováno. Princip Jin a Jang. Stárnutí a regenerace buněk organismu. Praktická část: Vyhledání zdrojů dat a jejich analýza. Identifikace regulačních cest ovlivňujících stárnutí. |
|
||
Last update: DSVOBOD (20.02.2012)
Doporučeno pro LEK 1., 2., 3., 4., 5., 6. ročník |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|