Genomic and diagnostic techniqeues - MB110P34

• Title: Genomické a diagnostické techniky
• Guaranteed by: Department of Anthropology and Human Genetics (31-110)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2014 to 2016
• Semester: summer
• E-Credits: 5
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:2/2, C+Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: 3
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: Mgr. Radek Šindelka, Ph.D.; Mgr. Katarína Kološtová, Ph.D.
• Teacher(s): Mgr. Katarína Kološtová, Ph.D.; Mgr. Radek Šindelka, Ph.D.

Annotation

English

Nucleic Acid Structure and Function. Chromosome structure and Function. Genetic Information Transfer. Human Genome Organisation and Expression. Mutation and Human DNA instability. Multigene Families and repeat sequences. Human DNA cloning. Molecular hybridization. Human Genome and evolution relationship.

References
J. D. Watson, M. Gilman, J. Witkowski, M. Zoller - Recombinant DNA. Scientific American Books, New York, 1997. W. B. Coleman, G. J. Tsongalis - Molecular Diagnostics. Humana Press, Totowa, New Jersey, 1997. R. A. Eeles, B. A. J. Ponder, D. F. Easton, A. Horwich - Genetic Predisposition to Cancer. Chapman and Hall Medical, Oxford, 1996.

Last update: VACKOVA (24.04.2002)

Czech

Základní pojmy technologie rekombinantních molekul DNA, typy izolací nukleových kyselin/NK/ z různých typů tkání, základní techniky diagnosticky využitelné, molekulární hybridizace, restrikční mapování, polymerázová řetězová reakce/PCR/ a její varianty využití, amplifikace známé sekvence, amplifikace neznámé sekvence, specielní amplifikační postupy - diferenciální, kvantitativní, nested, multiplex, kompetitivní PCR, identifikace rozměrových a jednonukleotidových změn NK, sekvenování, nástroje mapování genomu, systémy pro studium exprese a funkce genů, molekulární cytogenetika - komparativní genomová hybridizace -CGH, spektrální karotypování - SKY, fluorescenční FISH pruhování, čipová analýza - membránové, skleněné a aktivní biočipy, praktické využití jednotlivých technik molekulární diagnostiky.

Last update: Dupejová Lenka, Mgr. (06.03.2019)

Literature

Prezentace z přednášek

Last update: Dupejová Lenka, Mgr. (06.03.2019)

Requirements to the exam

Podmínky udělení započtu: absolvování testu zaměřeného na řešení praktických úloh

Podmínky udělení zkoušky: ústní v rozsahu kurzu a doporučené literatury, délka cca 30 minut

Last update: Dupejová Lenka, Mgr. (06.03.2019)

Syllabus

1. Příprava vzorků pro testování biologických molekul (izolace buněčných subtypů, DNA/RNA/miRNA, proteinů z různých vzorků (tkáně, tělní tekutiny, fixovaná tkáň)). Kontrola kvality.

2. Práce se sekvencemi (genetické databáze, sestřihové varianty, navrhování experimentů).

3. Měření genové exprese (např. real-time PCR se zaměřením se na absolutní, relativní kvantifikaci, next generation sequencing, microarrays).

4. (5). Diagnostické metody

 biomarker prognostický, prediktivní v klinických studiích - na příkladu cirkulujících nádorových buněk

 základy klinických studií pro testování biomarkerů

 základy cytogenetiky (histochemie, imunohistochemie, FISH)

 analýza mutací PCR, RFLP, MLPA, sekvenace, next generation sequencing, miRNA, microarrays

 imunoanalýza proteinů (ELISA, western blotting, epispot)

 epigenetická analýza: volná cirkulující DNA, metylace

Last update: Dupejová Lenka, Mgr. (06.03.2019)