Ecomorphology - MB170C88

• Title: Praktikum z ekomorfologie
• Guaranteed by: Department of Ecology (31-162)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2011 to 2013
• Semester: summer
• E-Credits: 3
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:0/3, C [DS]
• Extent per academic year: 3 [days]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: not taught
• Language: Czech
• Additional information: http://RMA (HTTP://WWW.BIO.SDSU.EDU/PUB/ANDY/RMA.HTML); http://COMPARE (HTTP://COMPARE.BIO.INDIANA.EDU); http://TREEVIEW (HTTP://TAXONOMY.ZOOLOGY.GLA.AC.UK/ROD/ROD.HTML); http://STATISTICA; http://PAUP; http://MESQUITE (HTTP://MESQUITEPROJECT.ORG); http://IMAGETOOL
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: prof. Mgr. Lukáš Kratochvíl, Ph.D.

Annotation

English

Please note, the lectures are given in Czech language. English version of the course can be requested in advance if there are at least 3 students.This course concerns basic overview of the computational methods in this field of ecology and evolutionary biology. Its major is the complex solution of the specific model problems using real datasets and a battery of evolutionary-ecological programs (usually free software).
Discussed topics include different approaches to morphometric data (including geometric morphometrics), allometric trends, reconstruction of phylogeny and ancestral traits, and interspecific comparative methods.

Last update: JPROKOP (30.11.2006)

Czech

Cvičení probíhá formou počítačového praktika, je především zaměřeno na komplexnější řešení konkrétních modelových evolučně-ekologických úloh na reálných datech. V průběhu praktika se studenti seznámí s různými metodologickými přístupy k řešení těchto problémů a naučí se ovládat vhodné počítačové programy. Důraz je kladen na různé přístupy k morfometrickým datům (včetně geometrické morfometrie), analýzu alometrických trendů, různé přístupy k rekonstrukci fylogeneze, ancestrálních stavů a jejich použití v mezidruhových srovnávacích analýzách.

Last update: JPROKOP (24.04.2006)

Literature

English

Brown JH, West GB. (Eds.) 2000. Scaling in Biology. Oxford University Press.

Harvey PH, Pagel MD. 1991. The Comparative Method in Evolutionary Biology. Oxford University Press.

Zelditch, ML, Swiderski DL, Sheets HD, Fink WL. 2004. Geometric Morphometrics for biologists: a primer. Elsevier Academic Press.

RMA (); COMPARE (); TREEVIEW (); STATISTICA; PAUP; Mesquite (); ImageTool

(); tpS Dig (); DISCRETE

(www.ams.reading.ac.uk/zoology/pagel/ ); COORDGEN, CVAGEN, PCAGEN... (

Last update: EXNEROVA (18.04.2007)

Czech

Brown JH, West GB. (Eds.) 2000. Scaling in Biology. Oxford University Press.

Harvey PH, Pagel MD. 1991. The Comparative Method in Evolutionary Biology. Oxford University Press.

Zelditch, ML, Swiderski DL, Sheets HD, Fink WL. 2004. Geometric Morphometrics for biologists: a primer. Elsevier Academic Press.

RMA (); COMPARE (); TREEVIEW (); STATISTICA; PAUP; Mesquite (); ImageTool

(); tpS Dig (); DISCRETE

(www.ams.reading.ac.uk/zoology/pagel/ ); COORDGEN, CVAGEN, PCAGEN... (

Last update: JPROKOP (24.04.2006)

Syllabus

English

1) Phylogeny reconstruction - nongenetic data, mixture of genetic and nongenetic

data (?total evidence" approach), tests of congruence among different datasets

2) Phylogenetic correlation of continuous traits, analysis of allometric trends within phylogenetic

framework, independent contrasts

3) Optimalisation of discrete traits onto extant cladogram

4) Phylogenetic correlation of discrete traits - maximum parsimony and maximum likelihood method

5) Image processing and analyzing - dimensional (distance, angle, perimeter, area) measurements

6) Growth curves

7) Morphospace, multivariate statistical methods in morphometrics - primarily principal component

analysis (PCA) and discriminant function analysis (DFA)

8) Tests of association between morphometric and geographic distances

9) Basics of geometric mophometrics - comparison with classical morphometrics, landmarks and

criteria of their choosing, superimposition methods, thin plate method, PCA and DFA in geometric

morphometrics

Last update: JPROKOP (24.04.2006)

Czech

1) Tvorba kladogramu z negenetických dat a kombinací genetických a

negenetických dat, testy kongruence jednotlivých datových matic

2) Fylogenetická korelace spojitých znaků, fylogenetická analýza alometrických trendů, metoda

nezávislých kontrastů

3) Optimalizace kategoriálních znaků na existující kladogram

4) Test fylogenetické korelace dvou kategoriálních znaků za použití metody maximální parsimonie a

maximální věrohodnosti

5) Počítačová analýza obrazu - měření ploch, úhlů?

6) Analýza růstových křivek

7) Morfoprostor, specifika morfometrických dat, vícerozměrné statistické metody při

zpracování morfometrických dat - především analýza hlavních komponent (PCA) a diskriminační analýza

(DFA)

8) Test shody morfometrických a geografických vzdáleností

9) Základy geometrické morfometrie - srovnání s klasickou morfometrií, význačné body a jejich

výběr, superimpoziční metody, metoda ohebných plátků, PCA a DFA v geometrické morfometrii

Last update: JPROKOP (24.04.2006)