NMR studium lokálních konformačních anomálií v DNA
| Thesis title in Czech: | NMR studium lokálních konformačních anomálií v DNA |
|---|---|
| Thesis title in English: | NMR study of local conformation anomalies in DNA molecule |
| Academic year of topic announcement: | 2016/2017 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | |
| Department: | Department of Low Temperature Physics (32-KFNT) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc. |
| Author: | |
| Advisors: | prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc. |
| Mgr. Václav Římal, Ph.D. | |
| Guidelines |
| Postup práce:
- Seznámit se s principy nukleární magnetické rezonance (NMR). - Naučit se obsluhovat NMR spektrometr při měření teplotních závislostí 1H a 31P spekter. - Změřit NMR spektra vybraných segmentů DNA za různých teplot a provést jejich základní zpracování. - Provést analýzu teplotních závislostí a určit změny chemického posunu a rychlosti výměny spojené s teplotně indukovaným rozpadem pravidelné struktury. - Interpretovat výsledky z hlediska bázového okolí a metylace. |
| References |
| W. Saenger, Principles of nucleic acid structure (vybrané kapitoly), Springer, New York 1984
H. Günther, NMR Spectroscopy: Basic principles, concepts, and applications in chemistry (vybrané kapitoly), John Wiley & Sons Ltd, Chichester, 1995 T.L. James (editor), Nuclear magnetic resonance and nucleic acids (vybrané partie), Academic Press 1995, San Diego V. Římal, NMR studium lokální strukturní stability v molekule DNA, diplomová práce. MFF UK, Praha 2009. |
| Preliminary scope of work |
| Molekula deoxyribonukleové kyseliny (DNA) má vedle klíčové role při uchovávání a přenosu genetické informace i určité regulační funkce, které jsou spojené se specifickými strukturními motivy rozpoznatelnými proteiny ovlivňujícími buněčné procesy. Metoda nukleární magnetické resonance (NMR) umožňuje získávat citlivé údaje o struktuře a dynamice biomolekul ve vodném prostředí. Na pracovišti byla nedávno vyvinutá metoda, která umožňuje získávat údaje o strukturní stabilitě v pozicích jednotlivých bází DNA. Náplní práce bude využití tohoto přístupu pro srovnávací měření krátkých DNA sekvencí obsahujících centrální motiv významný z hlediska řízení exprese genetické informace.
|