Thesis (Selection of subject)Thesis (Selection of subject)(version: 285)
Assignment details
   Login via CAS
Stochastická dynamika bublin v DNA (bakalářská verze práce)
Thesis title in Czech: Stochastická dynamika bublin v DNA (bakalářská verze práce)
Thesis title in English: Stochastic dynamics of DNA bubbles
Academic year of topic announcement: 2009/2010
Type of assignment: Bachelor's thesis
Thesis language:
Department: Department of Condensed Matter Physics (32-KFKL)
Supervisor: RNDr. Tomáš Novotný, Ph.D.
Author:
Guidelines
1. rámcové porozumění fyzice konformační dynamiky DNA [1,2]
2. osvojení si základních principů stochastických metod [3-5]
3. modelování dynamiky DNA bubliny; spočtení pravděpodobnostní hustoty místa zániku bubliny se započtením efektů:
- konečné délky
- interakce (tj. entropického koeficientu)

References
1. D. Poland and H. A. Scheraga, Theory of Helix-Coil Transitions in Biopolymers (Academic, New York, 1970)
2. R. Metzler, T. Ambjörnsson, A. Hanke, Y. Zhang, and S. Levene, J.Comput. Theor. Nanosci. 4, 1 (2007);
http://arxiv.org/abs/physics/0609139v2
3. H. Risken: The Fokker-Planck Equation (Springer, Berlin, 2. vydání, 1989)
4. N. G. Van Kampen: Stochastic Processes in Physics and Chemistry (North Holland, Amsterdam, 2. vydání, 1992)
5. C. W. Gardiner: Handbook of Stochastic Methods for Physics, Chemistry and the Natural Sciences (Springer, Berlin,
3. vydání, 1994)
6. G. Altan-Bonnet, A. Libchaber, and O. Krichevsky, Phys. Rev. Lett. 90, 138101 (2003)
7. T. Novotný, J. N. Pedersen, M. S. Hansen, T. Ambjörnsson, and R. Metzler, Europhys. Lett. 77, 48001 (2007); J. Chem. Phys.
130, 164117 (2009)
Preliminary scope of work
Konformační dynamika DNA [1,2] je zajímavá kromě čistě fyzikálních důvodů mechaniky polymerů [1] rovněž svou potenciální důležitostí ve fyziologických procesech [2], a je tudíž intenzivně v poslední době studována jak experimentálně [6], tak i teoreticky [7]. Cílem této práce je uvedení studenta do tohoto moderního tématu a provedení mírného rozšíření studie [7] na výpočet pravděpodobnostního rozdělení místa zániku bubliny (koalescence). Práce bude vypracována v součinnosti s Prof. Ralfem Metzlerem z TU Mnichov.

Podrobnosti u T. Novotného (KFKL, Ke Karlovu 5, místnost F061, e-mail: tno@karlov.mff.cuni.cz).

 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html