Složení a aktivita mikrobiálního společenstva během rozkladu rostlinného opadu na dvou kontrastních lokalitách

• Thesis title in Czech: Složení a aktivita mikrobiálního společenstva během rozkladu rostlinného opadu na dvou kontrastních lokalitách
• Thesis title in English: Composition and activity of microbial community during decomposition of plant litter on two contrasting localities
• Key words: mikrobiální společenstva, rozklad organické hmoty, sekundární metabolismus.
• Academic year of topic announcement: 2013/2014
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Ecology (31-162)
• Supervisor: doc. RNDr. Markéta Marečková, prom. biol., Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 30.01.2014
• Date of assignment: 30.01.2014
• Date of electronic submission: 04.05.2015
• Date of proceeded defence: 01.06.2015
• Opponents: RNDr. Václav Tejnecký, Ph.D.
• Advisors: Ing. Jan Kopecký, Ph.D.

Preliminary scope of work

Cílem práce je nalézt a podrobněji prostudovat skupiny bakterií, které rozkládají organickou hmotu v půdě a zároveň produkují sekundární metabolity.
Experimentální část:
Na dvou vybraných lokalitách lišících se pH půdy, vegetací a klimatickými podmínkami bude proveden litterbagový experiment. V opadových sáčcích bude stanovován rozvoj mikrobiálních společenstev v průbehu jednoho roku. U těchto společenstev bude kvantifikován poměr mezi bakteriemi,
aktinobakteriemi a houbami, a dále budou kvantifikovány vybrané geny pro rozklad, například celobiohydrolaza a laccaza. Zároveň budou stanovovány kvantitativní poměry vybraných genů sekundárního metabolismu, např. PKS a NRPS.

Cíl: Určit posloupnost rozkladu organické hmoty na dvou odlišných půdních lokalitách a najít souvislosti s produkcí genů sekundárního metabolismu.
Metody:
Terénní práce, PCR, kvantitativni PCR, HPLC analýza extraktů. Práce s databázemi, analýza sekvencí, testování primerů, statistické zpracování.