Měření C-13 NMR relaxací karbonylových skupin v proteinech
| Thesis title in Czech: | Měření C-13 NMR relaxací karbonylových skupin v proteinech |
|---|---|
| Thesis title in English: | Measurements of C-13 NMR relaxation of carbonyl groups in proteins |
| Academic year of topic announcement: | 2005/2006 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Low Temperature Physics (32-KFNT) |
| Supervisor: | doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 06.03.2006 |
| Date of assignment: | 06.03.2006 |
| Date and time of defence: | 28.05.2007 00:00 |
| Date of electronic submission: | 28.05.2007 |
| Date of proceeded defence: | 28.05.2007 |
| Opponents: | prof. Ing. Richard Hrabal, CSc. |
| Guidelines |
| 1. Osvojení ovládání spektrometru nukleární magnetické rezonance vysokého rozlišení a programování sekvencí RF pulzů.
2. Nastudování teorie relaxace jaderného spinu a spektroskopie NMR. 3. Literární rešerše o metodice měření relaxací C-13 karbonylu v proteinech. 4. Výběr, přizpůsobení a optimalizace nastavení pulzních sekvencí. 5. Testování pulzních sekvencích na standardních vzorcích ubiquitinu. 6. Měření na vzorku matrixového proteinu Mason-Pfizerova opičího viru interpretace výsledků. 7. Sepsání diplomové práce |
| References |
| 1. Cavanagh, J.; Fairbrother, W.; Palmer, III, A. G.; Skelton, N.; Eds.: Protein NMR Spectroscopy: Principles and Practice, Academic Press San Diego, 1995.
2. M. H. Levitt: Spin Dynamics; Basics of Nuclear Magnetic Resonance, John Wiley & Sons, Chichester, 2001. 3. C. P. Slichter: Principles of Magnetic Resonance, Harper & Row, New York, 1967. |
| Preliminary scope of work |
|
Jaderná spinová relaxace je základním zdrojem informací o pohyblivosti molekul v časové škále piko - mikrosekund. Při studiu proteinů se nejčastějí využívá měření relaxací N-15 amidických skupin. Vzhledem k velkému rozsahu časových škál a současnému výskytu několika různých typů pohybů je potřebné získat více experimentálních údajů. Cílem této práce je implementace metodiky měření relaxace C-13 karbonylových skupin. To zahrnuje výběr, úpravu a optimalizaci pulzních sekvencí pro nukleární magnetickou rezonanci, které budou testovány na vhodně izotopově obohaceném vzorku proteinu ubiquitinu (C-13, N-15). Připravená metodika bude aplikována na matrixový protein Mason-Pfizerova opičího viru. |