Sledování teplotně indukovaného rozpadu dvojšroubovice DNA pomocí jaderné magnetické rezonance vysokého rozlišení

• Thesis title in Czech: Sledování teplotně indukovaného rozpadu dvojšroubovice DNA pomocí jaderné magnetické rezonance vysokého rozlišení
• Thesis title in English: Monitoring of DNA duplex melting by NMR
• Academic year of topic announcement: 2006/2007
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Low Temperature Physics (32-KFNT)
• Supervisor: prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 01.11.2006
• Date of assignment: 01.11.2006
• Date and time of defence: 26.06.2007 00:00
• Date of electronic submission: 26.06.2007
• Date of proceeded defence: 26.06.2007
• Opponents: doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.
• Advisors: prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.

Guidelines

Pracovní úkoly:
1. Seznámit se s principy jevu nukleární magnetické rezonance (NMR).
2. Osvojit si základy obsluhy spektrometru NMR vysokého rozlišení.
3. Seznámit se se základními termodynamickými modely tvorby duplexů nukleových kyselin a s publikovanými daty.
4. Na modelovém duplexu provést sérii měření teplotních závislostí spekter NMR a vyhodnotit změřená spektra s cílem stanovit nejcitlivější spektrální charakteristiky.

References

1. P.J.Hore, Nuclear magnetic resonance, Oxford Univ. Press, Oxford 1995
2. W. Saenger, Principles of nucleic acid structure (vybrané kapitoly), Springer, New York 1984
3. J. Palacký, Spektroskopické studium nových modifikovaných oligonukleotidů, diplomová práce, MFF UK, Praha 2005

Preliminary scope of work

Mezi základní parametry charakterizující dvojšroubovicové struktury DNA patří termodynamické parametry spojené se vznikem (či rozpadem) tohoto komplexu na dvě samostatná vlákna. K jejich určení se využívá teplotních závislostí různých fyzikálních veličin, nejčastěji absorpce UV záření. Ukazuje se však, že tato měření nejsou schopná poskytnout dostatečné informace pro jednoznačné stanovení termodynamických parametrů, což je jednou z příčin, proč dosud nebyl vypracován jednoznačně správný termodynamický model pro tvorbu uvedeného komplexu. V rámci širokého srovnávání využitelnosti alternativních experimentálních technik pro tato studia je třeba prověřit možnosti, které poskytuje jaderná magnetická rezonance (NMR) vysokého rozlišení. Na modelovém duplexu deoxyoligonukleotidů budou prováděna přesná měření teplotní závislosti spektrálních a případně i dalších NMR charakteristik.