Petroušek F.: Rozvoj techniky separace a identifikace glykopeptidů pomocí chromatografie a hmotnostní spektrometrie pro klinické účely (diplomová práce, PřF UK, 2022) Pála A.: Chemická modifikace glykopeptidů a predikce jejich retenčního chování při hydrofilní kapalinové chromatografii (bakalářská práce, PřF UK, 2023) Kozlik P. et al.: Prediction of Intact N-Glycopeptide Retention Time Windows in Hydrophilic Interaction Liquid Chromatography (Molecules, 2022, Jun 9;27(12):3723, doi: 10.3390/molecules27123723)
Preliminary scope of work
Náplní práce bude získání glykopeptidů proteolýzou standardních glykoproteinů, chemická modifikace jejich peptidové páteře (např. propionylace, formylace, esterifikace) a sledování vlivu těchto modifikací na retenci při hydrofilní kapalinové chromatografii ve spojení s hmotnostně-spektrometrickou detekcí. Konečným cílem je využití posunů v retenčních časech k vytvoření modelu predikce chromatografického chování glykopeptidů, který může následně sloužit v klinické diagnostice ke zvýšení spolehlivosti identifikace málo abundantrních glykopeptidů. Projekt probíhá ve spolupráci s Katedrou analytické chemie PřF UK.
Preliminary scope of work in English
The scope of the work will be to obtain glycopeptides by proteolysis of standard glycoproteins, chemical modification of their peptide backbone (e.g. propionylation, formylation, esterification) and monitoring the effect of these modifications on retention by hydrophilic liquid chromatography in coupled with mass spectrometric detection. The ultimate goal is to use shifts in retention times to develop a model for predicting the chromatographic behavior of glycopeptides, which can then be used in clinical diagnostics to increase the reliability of identification of low abundant glycopeptides. The project is carried out in collaboration with the Department of Analytical Chemistry, Faculty of Science, Charles University.
