Ovivnění vývoje epitelu uroteliálního traktu v modelu dania a medaky pomocí CRISPR/Cas9
| Thesis title in Czech: | Ovivnění vývoje epitelu uroteliálního traktu v modelu dania a medaky pomocí CRISPR/Cas9 |
|---|---|
| Thesis title in English: | CRIPSR/Cas9-mediated perturbation of urothelial epithelia in zebrafish and medaka models |
| Academic year of topic announcement: | 2017/2018 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Genetics and Microbiology (31-140) |
| Supervisor: | RNDr. Karel Drbal, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned by the advisor, waiting for guarantor's approval |
| Date of registration: | 28.11.2018 |
| Date of assignment: | 28.11.2018 |
| Guidelines |
| MB140P86 Methods of functional genomics
MB151P80 Cytometrie MB151P109 Seeing is Believing – Metody pozorování životně důležitých procesů v buňkách a organismech MB151P102 Genomické metody MB170P112 Proteomika MS720P053 Organismus - řád i neřád MB162P25 Evoluce genomu MB120P121 Evoluce buňky MB170P24 Evoluční genetika |
| References |
| Review https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25867848 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24848337 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29432158 3D modely https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25417113 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28399811 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26700682 scRNAseq https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26700682 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29700225 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29700227 Databáze https://www.ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-ERAD-475/Results https://wiki.zfin.org/display/general/Anatomy+Atlases+and+Resources https://bgee.org/ http://zebrafish.anatomyportal.org/ |
| Preliminary scope of work |
| Vývoj uroteliálního epitelu je pod vlivem buněk pocházejících z mezodermu. V časné rybí embryogenezi dochází k masivnímu formování mezendodermu a vliv tohoto morfogenetického prostředí na vývoj primitivního vylučovacího ústrojí bude studovaný v rybích modelech dania a medaky.
V práci využijeme stávajících reporterových linií dania pro detekci účinku hlavních morfogenů a s využitím morholino a CRISPR/Cas9 budeme tlumit hlavní řídící geny pro vývoj urotelu. Ty budou vytipované na základě bioinformatické analýzy expresních 3D celoorganismálních modelů. Experimentální detekce bude založená na paralelním mikroskopickém měření ve tkáni a cytometrickém měření po disociaci celého urogenitálního traktu na jednobuněčnou suspenzi. Cílem této práce je popis efektu vyřazení vybraných genů na vývoj a transformaci urotelu. Dlouhodobým cílem této práce je příprava rybího modelu spontánní nádorové transformace ekvivalentu močového měchýře a potvrzení role hlavních řídících mutací. |