Imunoskóre ve 3D tkáních

• Thesis title in Czech: Imunoskóre ve 3D tkáních
• Thesis title in English: Immunoscore in 3D tissue
• Key words: imunoskóre, imunitní infiltrát, projasnění tkáně, "lightsheet" mikroskopie, SPIM, nádorové mikroprostředí, karcinom, pevný nádor
• English key words: immunoscore, immune infiltrate, tissue clearing, lightsheet microscopy, SPIM, tumor microenvironment, carcinoma, solid tumor
• Academic year of topic announcement: 2017/2018
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Cell Biology (31-151)
• Supervisor: RNDr. Karel Drbal, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor, waiting for guarantor's approval
• Date of registration: 11.11.2017
• Date of assignment: 11.11.2017
• Date of electronic submission: 10.08.2020
• Date of proceeded defence: 17.09.2020
• Opponents: Mgr. Jan Procházka, Ph.D.
• Advisors: doc. Mgr. Pavel Němec, Ph.D.

Preliminary scope of work

Cílem práce je kritické zhodnocení deset let staré metodiky stanovení takzvaného imunoskóre u pevných nádorů na základě imunohistochemického značení náhodných řezů nádorovou tkání třemi znaky - CD3, CD8 a CD45RO a zároveň stanovení lokalizace imunitních buněk v centru nádoru respektive invazivním okraji. Budeme zde využívat kombinaci dvou nových technologií: projasnění tkáně (z anglického "clearing") a získání optického řezání tkáně mikroskopickou technikou "lightsheet" (SPIM) bez nutnosti mechanického řezání. Obě tyto nové technologie umožní získání 3D informace v nádorové tkáni co nejpřesnějším a nejjednodušším způsobem s minimální manipulací se vzorkem pro následnou rekonstrukci dat a stanovení ne/výhodnosti 3D versus 2D postupu.
Doplněním panelu měření znaků cílí práce především inhibiční "checkpoint" receptory imunitních buněk a znaky imunosuprese - a to jak lymfoidního, tak i myeloidního původu. U několika vybraných vzorků provedeme paralelní srovnání s klasickou metodou barvení hematoxilin/eosin a výše zmíněným provedení klasického imunoskóre. Při vývoji metodiky budeme používat mozky a další orgány modelových organismů, především zebřičky (Danio rerio) a v omezeném počtu i myši.
Analýza 3D obrazových dat bude založená na srovnání dostupných komerčních řešení (arivis Vision4D) a otevřeného softwaru (Fiji). Z výše uvedeného vyplývá, že cílem není zpracování velkého počtu vzorků, ale právě komparativní přístup ve stylu studie proveditelnosti.