Predikcia väzobných miest ligandov na proteínoch

• Thesis title in Czech: Predikcia väzobných miest ligandov na proteínoch
• Thesis title in English: Predicting protein-ligand binding sites
• Key words: väzobné miesta ligandov, štruktúra proteínov, strojové učenie
• English key words: ligand biniding site, protein structure, machine learning
• Academic year of topic announcement: 2016/2017
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Department: Department of Software and Computer Science Education (32-KSVI)
• Supervisor: RNDr. František Mráz, CSc.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 08.03.2017
• Date of assignment: 09.03.2017
• Confirmed by Study dept. on: 14.03.2017

Guidelines

Automatizované hľadanie väzobných miest proteínov je jedným z aktuálnych problémov bioinformatiky s aplikáciami vo vývoji liekov, či pri určovaní funkcie proteínov. Doteraz bolo vyvinutých mnoho algoritmov, ktoré hľadajú väzobné miesta na základe rôznych stratégií. Cieľom práce je navrhnúť a implementovať systém, ktorý bude predpovedať miesta na proteínoch, na ktoré sa viažu malé molekuly (ligandy), skombinovaním známych metód detekcie väzobných miest ligandov. Hlavnou metódou budú techniky ensemblového strojového učenia na databáze známych proteín-ligand komplexov, ktoré by mali maximalizovať presnosť predikcie. Dôraz bude na rozšíriteľnosti navrhnutého systému tak, aby sa do neho v budúcnosti dali zapojiť nové algoritmy detekcie väzobných miest.

References

A. Ahmed,,R. D. Smith, J. J. Clark, J. B. Dunbar, H. A. Carlson. Recent improvements to Binding MOAD: a resource for protein–ligand binding affinities and structures. Nucleic Acids Res (2015) 43 (D1): D465-D469.

B. Huang. MetaPocket: a meta approach to improve protein ligand binding site prediction. OMICS, 13(4):325-330, Aug 2009.

D. B. Roche, D. A. Brackenridge, and L. J. McGuffin. Proteins and their interacting partners: An introduction to protein-ligand binding site prediction methods. Int J Mol Sci, 16(12):29829{29842, 2015.

B. H. Dessailly, M. F. Lensink, C. A. Orengo, S. J. Wodak. LigASite—a database of biologically relevant binding sites in proteins with known apo-structures. Nucleic acids research, 36.suppl 1 (2008): D667-D673.