Koevoluce živočichů a jejich intestinální mikrobioty v kontextu koncepce holobionta
Thesis title in Czech: | Koevoluce živočichů a jejich intestinální mikrobioty v kontextu koncepce holobionta |
---|---|
Thesis title in English: | Coevolution of animals and their microbiota in the context of holobiont concept |
Academic year of topic announcement: | 2016/2017 |
Thesis type: | dissertation |
Thesis language: | čeština |
Department: | Department of Zoology (31-170) |
Supervisor: | Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D. |
Author: | Mgr. Jan Kubovčiak - assigned and confirmed by the Study Dept. |
Date of registration: | 24.10.2016 |
Date of assignment: | 24.10.2016 |
Confirmed by Study dept. on: | 24.10.2016 |
Preliminary scope of work |
Těla živočichů jsou kolonizována komplexními společenstvy mikroorganismů, takzvanou mikrobiotou. Mezi hostiteli a jejich mikrobiotou se v průběhu společné evoluce vyvinula celá řada vzájemných interakcí. Tato úzká asociace vedla k představě že evoluce jak genomu hostitele tak i metagenomu s ním asociovaných mikrobiálních společenstev je do značné míry ovlivněna sdílenými evolučními tlaky. Tento typ asociace je označován na úrovni hostitele a jeho mikrobioty jak holobiont a na úrovni souboru genů hostitele a metoagenomu mikrobiálního společenstva jako hologenom. Termíny holobiont respektive hologenom jsou v současné literatuře týkající se interakcí mezi mikrobiotou a hostitelem značně nadužívány bez ohledu na to, že zásadní předpoklady které vymezují holobionty a jiné formy koexistence mezi živočichy a mikrobiálními organismy byly testovány jen výjimečně. Podle recentního kritického zhodnocení (Borderstein et al. 2015) je holobiont vymezen tím, že převážná část evoluce mikroorganismů probíhá v těle hostitele a že mikroorganismy tvořící součást holobionta jsou transgeneračně děděné. V průběhu svého postgraduálního studia se student bude zabývat testováním těchto předpokladů na základě analýzy svých vlastních dat a již publikovaných datasetů a za použití analytických nástrojů které začal tvořit během své diplomové práce.
Reference: Bordenstein, Seth R., and Kevin R. Theis. "Host biology in light of the microbiome: ten principles of holobionts and hologenomes." PLoS Biol 13.8 (2015): e1002226. |