Genetická determinace diabetu druhého typu, konfirmační studie na české populaci.

• Thesis title in Czech: Genetická determinace diabetu druhého typu, konfirmační studie na české populaci.
• Thesis title in English: Genetic determination of T2DM, confirmatory study on Czech population.
• Key words: Diabetes mellitus druhého typu, T2DM, genetika, polymorfismus, populace, TCF7L2, IGF2BP2, IRS1, CDKAL1.
• English key words: Type 2 diabetes mellitus, T2DM, genetics, polymorphism, population, TCF7L2, IGF2BP2, IRS1, CDKAL1.
• Academic year of topic announcement: 2015/2016
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: doc. Ing. Jaroslav Hubáček, CSc., DSc.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 06.11.2015
• Date of assignment: 06.11.2015
• Date of electronic submission: 14.08.2017
• Date of proceeded defence: 13.09.2017
• Opponents: RNDr. Olga Rothová, Ph.D.

Preliminary scope of work

Diabetes mellitus druhého typu (T2DM) je jedním z nejčastějších civilizačních onemocnění a i když je spojen s řadou vnějších příčin, jeho kumulace v rodinách ukazuje na významný genetický základ. Určité genetické polymorfismy hrají roli v determinaci rozvoje diabetu druhého typu a jeho komplikací.
Diplomová práce bude zaměřena na replikaci původního nálezu z recentní práce (Talmud P.J., a spol., Diabetes, 2015;64:1830-1840) kombinující několik desítek běžných polymorfismů do rizikového skóre. Z těchto variant byly vybrány na základě i/ své dostatečné četnosti rizikové alely (alespoň 15%) a ii/ dle rizikového OR varianty v genech IRS1, IGF2BP2, CDKAL1 a TCF7L2, původně popsaných ve spojitosti s T2DM v rámci celogenomových screeningů (GWAs).
Vztah variant k rozvoji TDM budeme analyzovat u českých pacientů s T2DM a zdravých kontrol. Tyto varianty budou analyzovány u existujících DNA bank pacientů s T2DM (cca 700 jedinců, z toho 500 v již existující DNA bance) a u přibližně stejného počtu zdravých kontrol, vybraných jako náhodný vzorek české dospělé populace (studie post-MONICA).
Dosud provedené experimenty se týkají téměř výhradně západoevropských populací. Pokud se mají tyto výsledky v budoucnu používat pro individuální odhad rizika onemocnění, je nezbytné tyto výsledky potvrdit i na negermánských, slovanských populací. Důvodem je skutečnost, že zdaleka ne všechny genetické determinace mají obecnou platnost a jsou popsány nejen mezietnické, ale i mezipopulační rozdíly v rámci jednoho etnika.

Preliminary scope of work in English

Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is one of the most common diseases in (not only) industrially developed countries. T2DM is associated with a number of external factors, however, its accumulation within families’ shows on a significant genetic background.
This thesis will focus on replication of the original findings of recent study (Talmud PJ, et al., Diabetes 2015; 64: 1830-1840), combining several dozens of common polymorphisms in risk score. We have selected, based on i/ sufficient frequency of risk alleles (at least 15%) and ii/ described OR, polymorphisms within the genes for IRS1, IGF2BP2, CDKAL1 and TCF7L2, originally described in connection with T2DM if genome wide analyses screenings (GWAS) were used.
Association between development of T2DM will be analyzed in Czech patients with T2DM and healthy controls. Genotyping will be performed on the basis of existing DNA bank of patients with T2DM (about 700 individuals, 500 DNA already isolated) and on approximately the same number of healthy controls selected as a random sample of adult Czech population (post-MONICA study).