Clustering of aqueous aminoacids and similar molecules in the presence of phospholipid monolayers
| Thesis title in Czech: | Agregace aminokyselin a podobných molekul v přítomnosti fosfolipidové monovrstvy |
|---|---|
| Thesis title in English: | Clustering of aqueous aminoacids and similar molecules in the presence of phospholipid monolayers |
| Key words: | Langmuirova monovrstva, klastr, aminokyseliny, aromatický kruh |
| English key words: | Langmuir monolayer, aggregates, amino acid, aromatic ring |
| Academic year of topic announcement: | 2014/2015 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Institute of Physics of Charles University (32-FUUK) |
| Supervisor: | Lukasz Cwiklik |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 17.02.2015 |
| Date of assignment: | 19.02.2015 |
| Confirmed by Study dept. on: | 15.02.2016 |
| Date and time of defence: | 08.09.2016 00:00 |
| Date of electronic submission: | 28.07.2016 |
| Date of submission of printed version: | 28.07.2016 |
| Date of proceeded defence: | 08.09.2016 |
| Opponents: | doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D. |
| Advisors: | prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. |
| Guidelines |
| 1. Prostudovat doporučenou literaturu, seznámit se s problematikou Langmuirových monovrstev a molekulovou strukturou aminokyselin s hydrofobním postranním řetězcem.
2. Sepsat rešerši. 3. Osvojit základní principy molekulové dynamiky a použití příslušných programů pro simulace a jejich vizualizace (GROMACS, VMD). 4. Provést molekulárně-dynamické simulace modelového systému fosfolipidové monovrstvy na rozhrání voda-vakuum s příměsi vybraných molekul (aminokyseliny a podobné sloučeniny). 5. Provést analýzu výsledků simulace, vyhodnotit charakter chování přítomných molekul a jejich vliv na uspořádání fosfolipidové monovrstvy. 6. Diskutovat výsledky provedených simulací v porovnání s experimentálními výsledky ze spolupracující laboratoře na Univerzitě v Koloradu v Boulderu. |
| References |
| 1. Adsorption, Mobility, and Self-Association of Naphthalene and 1-Methylnaphthalene at the Water-Vapor Interface. By: Gladich, Ivan; Habartova, Alena; Roeselova, Martina
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A Volume: 118 Issue: 6 Pages: 1052-1066 Published: FEB 13 2014. 2. Interactions of gaseous HNO3 and water with individual and mixed alkyl self-assembled monolayers at room temperature. By: Nishino, Noriko; Hollingsworth, Scott A.; Stern, Abraham C.; et al. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS Volume: 16 Issue: 6 Pages: 2358-2367 Published: 2014. 3. Organization of Lipids in the Tear Film: A Molecular-Level View. By: Wizert, Alicja; Iskander, D. Robert; Cwiklik, LukaszPLOS ONE Volume: 9 Issue: 3 Article Number: e92461 Published: MAR 20 2014 |