Modelování acidobazických vlastností kopolypeptidů glutamátu a lysinu s tyrosinem

• Thesis title in Czech: Modelování acidobazických vlastností kopolypeptidů glutamátu a lysinu s tyrosinem
• Thesis title in English: Modeling of acid-base properties of copolypeptides of glutamate and lysine with tyrosine
• Key words: Počítačová simulace, polymer, makromolekula, modelování, titrace, disociace
• English key words: Computer simulation, polymer, macromolecule, modeling, titration, dissociation
• Academic year of topic announcement: 2014/2015
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Physical and Macromolecular Chemistry (31-260)
• Supervisor: doc. RNDr. Peter Košovan, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 19.10.2023
• Date of assignment: 19.10.2023
• Confirmed by Study dept. on: 10.01.2024
• Advisors: prof. RNDr. Miroslav Štěpánek, Ph.D.

Preliminary scope of work

Práce je zaměřena na studium acidobazických vlastností statistických kopolypeptídů Glu4-stat-Tyr a Lys4-stat-Tyr, které jsou součaně sutdovány experimentálně ve skupine prof. M. Štěpánka. Cílem práce je vytvořit zrhubený model, s jehož pomocí bude možné předpovědět jak se mění stupeň ionizace a konformace těchto peptidů ve zředěném roztoku v závislosti na pH. Předpovědi z těchto simulací budou využity při interpretaci výsledků z potenciometrických titrací, rozptylu světla, případně dalších experimentálních metod.
Náplň této práce zahrnuje provádění simulací, analýzu a interpretaci výsledků těchto simulací. Získání experimentálních dat není součástí této práce.

Preliminary scope of work in English

The topic is focused on the study of acid-base properties of statistical copolypeptides Glu4-stat-Tyr a Lys4-stat-Tyr. These peptides are being simultaneously studied experimentally in the group of prof. M. Štěpánek. The main goal of the thesis is to perform a set of simulations of these peptides in solution at different pH values. From these simulations we will calculate the net charge on the peptide and its radius of gyration as a function of the pH. We will compare these results with experimental rasults from potentiometric titrations and light scattering, obtained in the group of prof. Štěpánek. In this way, we would like to gain a better understanding of how the degree of ionization and conformation of these peptides are affected by electrostatic interactios between the ionizable side chains.
The work on this thesis entails running the simulations, procesing of the simulation results and their interpretation in the context of the available experimental results. Obtaining the experimental results is not a part of this work.