NMR studium teplotně indukovaného rozpadu duplexu DNA
| Thesis title in Czech: | NMR studium teplotně indukovaného rozpadu duplexu DNA |
|---|---|
| Thesis title in English: | NMR study of thermally induced melting of DNA duplex |
| Key words: | NMR, duplex, oligomer, DNA, |
| Academic year of topic announcement: | 2016/2017 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | |
| Department: | Department of Low Temperature Physics (32-KFNT) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc. |
| Author: |
| Guidelines |
| Postup práce:
- Seznámit se s principy nukleární magnetické rezonance (NMR). - Naučit se obsluhovat NMR spektrometr při měření teplotních závislostí 1H a 31P spekter. - Změřit NMR spektra vybraného segmentu DNA za různých teplot a provést jejich základní zpracování. - Provést analýzu teplotních závislostí a určit změny chemického posunu a rychlosti výměny spojené s teplotně indukovaným rozpadem pravidelné struktury. |
| References |
| W. Saenger, Principles of nucleic acid structure (vybrané kapitoly), Springer, New York 1984
duplexu deoxyoligonukleotidů T.L. James (editor), Nuclear magnetic resonance and nucleic acids (vybrané partie), Academic Press 1995, San Diego V. Římal, NMR studium lokální strukturní stability v molekule DNA, diplomová práce. MFF UK, Praha 2009. |
| Preliminary scope of work |
| Mezi základní parametry charakterizující dvojšroubovicové struktury DNA patří termodynamické parametry spojené se vznikem (či rozpadem) tohoto komplexu na dvě samostatná vlákna. K jejich určení se využívá teplotních závislostí různých fyzikálních veličin, nejčastěji absorpce UV záření. Ukazuje se však, že tato měření nejsou schopná poskytnout dostatečné informace pro jednoznačné stanovení termodynamických parametrů.
Jaderná magnetická rezonance (NMR) vysokého rozlišení poskytuje lokální vhled do procesu tání. Na modelovém duplexu deoxyoligonukleotidů budou prováděna přesná měření teplotní závislosti spektrálních a případně i dalších NMR charakteristik. |