Izolace a purifikace environmentální DNA z horizontu stavební skrývky: stratifikační studie

• Thesis title in Czech: Izolace a purifikace environmentální DNA z horizontu stavební skrývky: ; stratifikační studie
• Thesis title in English: Isolation and purification of the environmental DNA from the horizon of the capping: ; stratification study
• Key words: půdní metagenomické DNA, PCR, 16S rRNA fylogeneze
• English key words: soil metagenomic DNA, PCR, 16S rRNA phylogeny
• Academic year of topic announcement: 2010/2011
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Biochemistry (31-250)
• Supervisor: doc. RNDr. Miroslav Šulc, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 05.11.2010
• Date of assignment: 18.01.2011
• Date of electronic submission: 02.06.2011
• Date of proceeded defence: 15.06.2011
• Opponents: Ing. Lenka Weignerová, Ph.D.
• Advisors: RNDr. Pavel Kyslík, CSc.

Preliminary scope of work

Environmentální DNA je důležitým zdrojem zajímavých unikátních genů kódujících potenciálně využitelné enzymy či proteiny, jelikož obsahuje kompletní DNA z daného prostředí, tj. včetně DNA z jinak nekultivovatelných (mikro)organismů. Kromě toho, eDNA poskytuje informaci o konsorciích mikroorganismů a jejich stratifikaci.
1) Literární rešerše - metody izolace a purifikace environmentální DNA;
2) Testování různých způsobů izolace půdní metagenomické DNA;
3) Vyhodnocení jednotlivých izolačně-purifikačních metod z hlediska další použitelnosti takto získané DNA (PCR, RFLP, metody rekombinantní DNA);
4) Standardní a modifikovaná PCR na metagenomických templátech (amplifikace 16S rRNA lokusů, amplifikace lokusů nesoucích konkrétní strukturní gen).

Preliminary scope of work in English

The environmental DNA is an important source of interesting unique genes, which encode potentially usable enzymes or proteins. This DNA contains complete DNA from a certain habitat, i. e. including the DNA from (micro)organisms that are uncultivable in any way. Besides this, the eDNA conveys information about consortia of microorganisms and their stratification.
1) Literature retrieval ? methods of isolation and purification of the environmental DNA
2) Testing of different methods of isolation of the soil metagenomic DNA
3) Assessment of individual isolation-purification methods with the view of further usability of the DNA gained in this way (PCR, RFLP, methods of recombinant DNA)
4) Standard and modified PCR on metagenomical templates (amplification of 16S rRNA loci, amplification of loci carrying a particular structural gene)