Vztah alosterické regulace a vnitřní dynamiky pyruvát kinázy
| Thesis title in Czech: | Vztah alosterické regulace a vnitřní dynamiky pyruvát kinázy |
|---|---|
| Thesis title in English: | Allosteric regulation and internal dynamics of pyruvate kinase |
| Academic year of topic announcement: | 2011/2012 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Institute of Physics of Charles University (32-FUUK) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Petr Heřman, CSc. |
| Author: | |
| Advisors: | doc. RNDr. Jaroslav Večeř, CSc. |
| Guidelines |
| 1) Prostudovat určenou literaturu
2) Vyhotovit rešerši týkající se vlasností izoforem pyruvát kinázy 3) Osvojit si metodiku práce s enzymy 4) Zvládnout stacionární a časově rozlišená fluorescenční měření, měřeni fluorescenční anisotropie a dynamické zhášení fluorescence 5) Pomocí časově rozlišené fluorescenční spektroskopie proměřit segmentální flexibilitu a dynamiku vybraných izoforem pyruvát kinázy v závislosti na konformačním stavu indukovaném vazbou ligandů. 6) Diskutovat získané výsledky a porovnat je s dostupnými literárními daty 7) Sepsat práci |
| References |
| 1) V.Prosser a kol. Experimentální metody biofyziky; Academia, Praha 1989
2) J. R. Lakowicz (1999) Principles of fluorescence spectroscopy, Second edition. Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York 3) J.R. Lakowicz, Topics in Fluorescence Spectroscopy, vol. 2 - Principles, J. R. Lakowicz, Ed. New York: Plenum Press, 1991 4) Lee, J.C. and Herman, P., Structural and Functional Energetic Linkages in Allosteric Regulation of Muscle Pyruvate Kinase. In M.L. Johnson, J.M. Holt and G.K. Ackers (Eds.), Methods in Enzymology, Biothermodynamics, Part C, Vol. 488 Elsevier, Inc., New York, 2011, pp. 185-217. 5) Herman, P. and Lee, J.C., Functional energetic landscape in the allosteric regulation of muscle pyruvate kinase. 1. Calorimetric study, Biochemistry, 48 (2009) 9448-55. 6) Herman, P. and Lee, J.C., Functional energetic landscape in the allosteric regulation of muscle pyruvate kinase. 2. Fluorescence study, Biochemistry, 48 (2009) 9456-65. 7) Herman, P. and Lee, J.C., Functional energetic landscape in the allosteric regulation of muscle pyruvate kinase. 3. Mechanism, Biochemistry, 48 (2009) 9466-70. 8) Soubor dalších vybraných původních prací |
| Preliminary scope of work |
| Pyruvát kináza (PK) je významný enzym katabolitického řetězce, který podléhá komplexní alostgerické regulaci. Vzhledem ke svým vlastnostem je též idealním modelovým systémem pro studium alosterie. Tu lze velmi dobře popsat pomocí dvoustavového modelu. Publikovaná data nasvědčují tomu, že mechnismus alosterické regulace úzce souvisí s vnitřní dynamikou a segmentální flexibilitou proteinu. Cílem diplomové práce bude charakterizace vnitřní dynamiky svalové pyruvát kinázy v závislosti na konformačních stavech vyvolaných alosterickými efektory a vnějšími fyzikálními vlivy. Výzkum, bude prováděn převážně pomocí časově rozlišené fluorescence tryptofanu, včetně dynamické depolarizace fluorescence.
Diplomant se naučí pracovat s enzymy, charakterizovat jejich aktivitu a využívat moderní metody stacionární a časově rozlišené fluorescence. |