NMR studium lokální strukturní stability v molekule DNA
| Thesis title in Czech: | NMR studium lokální strukturní stability v molekule DNA |
|---|---|
| Thesis title in English: | NMR study of local structural stability in DNA molecule |
| Academic year of topic announcement: | 2007/2008 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Low Temperature Physics (32-KFNT) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 05.11.2007 |
| Date of assignment: | 05.11.2007 |
| Date and time of defence: | 14.09.2009 00:00 |
| Date of electronic submission: | 14.09.2009 |
| Date of proceeded defence: | 14.09.2009 |
| Opponents: | doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc. |
| Advisors: | prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc. |
| RNDr. Zdeněk Tošner, Ph.D. | |
| Guidelines |
| Postup práce:
- Návrh palindromové sekvence modelového oligonukleotidu, optimalizace čištění vzorku ve spolupráci s dodavatelskou laboratoří. - Optimalizace rozpouštědla pro NMR experiment (výběr pufru, nastavení iontového složení, eliminace paramagnetických iontů). - Prověření různých možností potlačení signálu vody v protonových spektrech, měření závislosti změn v NMR spektru na intenzitě pulsů používaných k potlačování signálu vody, testování možností použití těžké vody a odhad vlivu této záměny na měřené NMR charakteristiky. - Měření 1D a 2D protonových spekter za referenční teploty a interpretace NMR čar bázových protonů. - Měření teplotních závislostí NMR spekter a analýza teplotně indukovaných změn pro jednotlivé čáry. - Interpretace výsledků z hlediska bázového okolí a poloze v řetězci. |
| References |
| W. Saenger, Principles of nucleic acid structure (vybrané kapitoly), Springer, New York 1984
H. Günther, NMR Spectroscopy: Basic principles, concepts, and applications in chemistry (vybrané kapitoly), John Wiley & Sons Ltd, Chichester, 1995 G.C.K.Robert (editor), NMR in Macromolecules, A practical Approach (vybrané kapitoly), Oxford university Press 1993, New York T.L. James (editor), Nuclear magnetic resonance and nucleic acids (vybrané partie), Academic Press 1995, San Diego Vybraný soubor původních prací z odborných časopisů |
| Preliminary scope of work |
| Ve dvojšroubovici DNA dochází při zachování integrity duplexu k celé řadě periodických i neperiodických strukturních fluktuací, které zřejmě mají význam při interakcích DNA a proteinů v procesu exprese genetické informace. Pochopení těchto dosud známých vlastností DNA je významné pro objasnění mechanismů regulačních, syntetických i štěpicích procesů na molekule DNA a pro cílenou přípravu biologicky aktivních syntetických analog nukleových kyselin.
Diplomová práce bude zaměřena na detailní NMR studium strukturních změn v krátkém úseku DNA (oligonukleotidu) s předpokládanou geometrií typu B. Cílem bude nalezení a interpretace teplotně indukovaných změn NMR signálu bázových protonů a jejich vysvětlení s ohledem na lokální bázové okolí a umístění v řetězci a vytvoření oligonukleotidového modelu pro studium vnějších vlivů, především kationického složení a pH, na lokální strukturní stabilitu v DNA. |