Kvantově chemický popis zvolených reakčních mechanismů fotosyntetického reakčního centra.
| Thesis title in Czech: | Kvantově chemický popis zvolených reakčních mechanismů fotosyntetického reakčního centra. |
|---|---|
| Thesis title in English: | Characterization of chosen reaction mechanisms of photosystem II using Computational Tools of Quantum Chemistry |
| Academic year of topic announcement: | 2022/2023 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | |
| Department: | Department of Chemical Physics and Optics (32-KCHFO) |
| Supervisor: | prof. RNDr. Ing. Jaroslav Burda, DrSc. |
| Author: |
| Guidelines |
| Zvolené komplexy budou nejprve podrobeny geometrické optimalizaci a pro finální struktury budou provedeny analýzy vlnových funkcí resp. elektronové hustoty pomocí různých výpočetních kvantově-mechanických programů.
Nejdůležitější úkol pak bude spočívat ve výpočtech elektronových přechodů studovaných systémů, porovnání s experimentálními daty a analýzy chyb. |
| References |
| 1. R. Polák, R. Zahradník: Základy kvantové chemie, SNTL Praha, 1993
2. P. Čárský, M. Urban: Ab initio výpočty v chemii, SNTL Praha, 1988 3. J. Fišer: Úvod do kvantové chemie, Academia Praha, 1983 4. N. Ostlund, A. Szabo: Modern Quantum Chemistry, McGraw-Hill Inc. New York, 1989 5. W. Yang, J. A. Parr: Density Functional Theory, Wiley, NY, 1998 6. R.E. Blankenship: Molekulární mechanismy fotosyntézy, Blackwell Science, 2002 |
| Preliminary scope of work |
| Práce bude založena na kvantově-chemických výpočtech modelových systémů agregátů fotosyntetických reakčních center a jejich biofyzikálních a biochemických interakcí. Pro tyto komplexy budou vypočteny základní elektronové vlastnosti. U navržených reakčních mechanismů budou stanoveny důležitá termodynamická data (entalpie a velné Gibbsovy energie) a odhadnuty kinetické parametry procesů, které hrají klíčovou úlohu v procesu fotosyntézy. |