Studium struktury a dynamiky proteinů viru M-PMV
| Thesis title in Czech: | Studium struktury a dynamiky proteinů viru M-PMV |
|---|---|
| Thesis title in English: | Investigation of structure and dynamics of proteins of M-PMV virus |
| Academic year of topic announcement: | 2006/2007 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | |
| Department: | Department of Low Temperature Physics (32-KFNT) |
| Supervisor: | doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D. |
| Author: |
| Preliminary scope of work |
| M-PMV (Mason-Pfizerův opičí virus) patří mezi retroviry a způsobuje selhání imunity, i když působí poněkud odlišným mechanismem než HIV nebo jeho opičí forma SIV. Predmětem studia budou predevším virová proteáza a matrixový protein. Proteáza má nezasupitelnou roli při expresi virové genetické informace v procesu rozmnožování viru. Na M-PMV proteáze je zvláště zajímavé prozkoumání mechanismů, které regulují její biologické funkce. Vyskytuje se ve třech různě aktivních formách, které však mají různou schopnost autolýzy. Matrixový protein má nezastupitelnou roli při sestavování virové částice. Jeho jediná cílená mutace (viz obrázek) dokáže změnit místo skládání nezralé virové částice z buněčné membrány do cytoplazmy a tedy významně modifikovat životní cyklus viru.
Cílem práce je zmapovat dynamické chování základní kostry proteinu a případně též postranních řetězců. K tomu bude použito měření podélné a příčné relaxace v roztoku na vzorcích uniformě značených 15N nebo 15N a 13C. Při měření se používá nejmodernějších vícedimenzionálních metod dvojité a trojité resonance (1H, 15N, 13C) a gradientního potlačování silného signálu H2O. Detaily viz http://physics.mff.cuni.cz/kfnt/nmr |