Petroušek F.: Rozvoj techniky separace a identifikace glykopeptidů pomocí chromatografie a hmotnostní spektrometrie pro klinické účely (diplomová práce, PřF UK, 2022) Pála A.: Chemická modifikace glykopeptidů a predikce jejich retenčního chování při hydrofilní kapalinové chromatografii (bakalářská práce, PřF UK, 2023) Kozlik P. et al.: Prediction of Intact N-Glycopeptide Retention Time Windows in Hydrophilic Interaction Liquid Chromatography (Molecules, 2022, Jun 9;27(12):3723, doi: 10.3390/molecules27123723)
Preliminary scope of work
Náplní práce bude proteolytické štěpení standardních glykoproteinů, chemická modifikace vybraných aminokyselinových zbytků (např. propionylace, formylace, esterifikace) a sledování vlivu těchto modifikací na retenci při hydrofilní kapalinové chromatografii. Použity budou odlišné HILIC nebo mixed-mode stacionární fáze ve spojení s hmotnostní spektrometrií jako detekční metodou. Na základě retenčních posunů modifikovaných glykopeptidů vůči nemodifikovaným budou odhadnuty velikosti příspěveků jednotlivých retenčních mechanismů, a bude vytvořen predikční model retenčního chování glykopeptidů v závislosti na jeho aminokyselinové sekvenci (délka, polarita, pozice) a připojeném glykanu. Model potenciálně nalezne využití v klinické diagnostice, kde bude sloužit ke zvýšení spolehlivosti identifikace málo abundantrních glykopeptidů při HILIC-MS analýze. Projekt proběhne ve spolupráci s Katedrou analytické chemie PřF UK. Financování projektu možňující pokrytí minimálního požadovaného příjmu PhD studenta není zajištěno.
Preliminary scope of work in English
The work will focus on proteolytic cleavage of standard glycoproteins, chemical modification of selected amino acid residues (e.g. propionylation, formylation, esterification) and monitoring the effect of these modifications on retention by hydrophilic liquid chromatography. Different HILIC or mixed-mode stationary phases will be used in conjunction with mass spectrometry as a detection method. Based on the retention shifts of the modified glycopeptides relative to the unmodified ones, the contribution of different retention mechanisms will be estimated and a prediction model of glycopeptide retention behavior will be developed as a function of its amino acid sequence (length, polarity, position) and attached glycan. The model will potentially find application in clinical diagnostics, where it will be used to increase the reliability of identification of low abundant glycopeptides in HILIC-MS analysis. The project will be carried out in collaboration with the Department of Analytical Chemistry, Faculty of Science, Charles University. Funding for the project to cover the minimum required income of a PhD student is not guaranteed.
