Kritické porovnání vybraných databází protein-proteinových interakcí

• Thesis title in Czech: Kritické porovnání vybraných databází protein-proteinových interakcí
• Thesis title in English: Critical comparison of protein-protein interaction databases
• Academic year of topic announcement: 2023/2024
• Thesis type: Bachelor's thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Experimental Plant Biology (31-130)
• Supervisor: prof. RNDr. Fatima Cvrčková, Dr.
• Author: Aneta Tranová - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 15.04.2024
• Date of assignment: 15.04.2024
• Confirmed by Study dept. on: 07.05.2024

References

Pro úvod do problematiky viz https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1532046420300071
Stránky konkrétních databází:
https://string-db.org/
https://thebiogrid.org/
https://www.ebi.ac.uk/intact/home
http://www.pickle.gr/
http://gpsprot.org/
http://www.interactome-atlas.org/
https://comppi.linkgroup.hu/
https://mint.bio.uniroma2.it/
https://mentha.uniroma2.it/
http://hint.yulab.org/
http://iid.ophid.utoronto.ca/
https://wodaklab.org/iRefWeb/
https://omics.bjcancer.org/pina/

Preliminary scope of work

Cílem práce je kriticky porovnat vybrané databáze protein-proteinových interakcí (viz eznam doporučené literatury), zejména s přihlédnutím k následujícím kritériém:
- Charakter dat
- Zdroje dat
- Vzájemná závislost (sdílení/toky dat) a vzájemný překryv
- Species coverage (zaměřit se na databáze vícedruhové resp. rostlinné)
Vítanou součástí práce může být též porovnání výsledků pro vybraný protein či proteiny ve více databázích.