Translačně regulované mRNA v buněčném cyklu lymfoblastické linie NcNc.

• Thesis title in Czech: Translačně regulované mRNA v buněčném cyklu lymfoblastické linie NcNc.
• Thesis title in English: Translationally regulated mRNAs in cell cycle of lymphoblastoid cell line NcNc.
• Academic year of topic announcement: 2024/2025
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D.
• Advisors: Khushboo Sharma, M.Sc.

Preliminary scope of work

Diplomová práce se zaměří na analýzu genové exprese u vybraných mRNA během G1, S, G2 a M fází buněčného cyklu. Kandidátní mRNA jsou vybrány z publikovaných výsledků NGS (Next Generation Sequencing) lidské adherentní buněčné linie RPE-1 (derivované z epitelu rohovky) a též z výsledků našeho vlastního sekvenování lidské suspenzní linie Nc-Nc (prekurzor bílých krvinek). Při vypracování diplomové práce se budete věnovat propagaci tkáňových kultur včetně synchronizace buněčného cyklu, izolaci celkové a polysomální RNA, kvantitativnímu RT-PCR, detekci bílkovin pomocí Western blotu, klonování do reportérových plasmidů, průtokové cytometrii a mikroskopii. Práce bude optimálně zakončena analýzou RNA vazebných proteinů s cílem pochopit mechanismus regulace exprese studovaných mRNA při průchodu buněčným cyklem (není podmínkou). viz plná anotace v ENG.

Preliminary scope of work in English

The cell cycle is tightly controlled by precisely timed and coordinated gene expression. The most profound change in mRNA transcription and polyadenylation can be found in mitosis, although progression through G1/S and S/G2 cell cycle phase borders also results in significant change in mRNA composition. Gene expression alteration has been studied on transcriptional level so far; here we aim at changes that occur also at the level of mRNA translation.
Thus, the intended thesis will focus on gene expression analysis of selected mRNAs during G1, S, G2 and M phases of the cell cycle. The candidate mRNAs are selected from published Next Generation Sequencing (NGS) results of the human adherent cell line RPE-1 (derived from retinal epithelium) and from our own sequencing results of the human suspension cell line Nc-Nc (white blood cell precursor). For your thesis, you will be involved in tissue culture propagation including cell cycle synchronization, isolation of total and polysomal RNA, quantitative RT-PCR, protein detection by Western blot, cloning into reporter plasmids, flow cytometry and microscopy.
The thesis will optimally conclude with the analysis of RNA binding proteins in order to understand the mechanism of regulation of expression of the studied mRNAs as they pass through the cell cycle (but not necessarily).