Thesis (Selection of subject)Thesis (Selection of subject)(version: 368)
Thesis details
   Login via CAS
Normalisation algorithms for spatially resolved transcriptomic data
Thesis title in Czech: Normalizační algoritmy pro prostorově rozlišená transkriptomická data
Thesis title in English: Normalisation algorithms for spatially resolved transcriptomic data
Key words: normalizace, prostorová trankriptomika, analýza dat, NGS, in situ hybridizace, in situ sekvenování
English key words: normalisation, spatial transcriptomics, data analysis, NGS, in situ hybridisation, in situ sequencing
Academic year of topic announcement: 2022/2023
Thesis type: Bachelor's thesis
Thesis language: angličtina
Department: Department of Cell Biology (31-151)
Supervisor: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.
Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration: 11.01.2023
Date of assignment: 11.01.2023
Confirmed by Study dept. on: 24.01.2023
Date of electronic submission:04.05.2023
Date of proceeded defence: 05.06.2023
Opponents: Ing. Pavel Abaffy, Ph.D.
 
 
 
Preliminary scope of work
Prostorově rozlišená transkriptomika je nová metoda, která umožňuje studium genové
exprese ve vzorcích tkání bez ztráty prostorového kontextu. Lze ji použít k mapování
distribuce mRNA do jednotlivých buněk ale i subcelulárních míst. Data získaná touto metodou
poskytují důležité poznatky v různých oborech biologie, včetně embryologie, onkologie nebo
imunologie. Fungování a vzájemné interakce jednotlivých buněk nelze plně vysvětlit bez
znalosti jejich přesného umístění ve tkáni.
Vzhledem k novosti prostorově rozlišené transkriptomiky je v současné době sladění
získaných informací o genové expresi a prostorovém uspořádání buněk velkou výzvou a
bioinformatické přístupy se teprve vytvářejí. Cílem této práce je zmapovat současné algoritmy
pro normalizaci dat získaných touto metodou a porovnat tyto algoritmy na základě dostupných
souborů dat. Vybrané algoritmy budou implementovány a integrovány do protokolů
používaných na ÚMG AV ČR. Práce zahrnuje
i) rešerši dostupných řešení,
ii) výběr vhodného řešení nebo návrh nového,
iii) implementaci tohoto řešení a jeho testování na dostupných datech.
Preliminary scope of work in English
Spatially resolved transcriptomics is a novel method that enables the study of gene expression
in tissue samples without loss of spatial context. It can be used to map the distribution of
mRNA to individual cells as well as subcellular locations. Data obtained using this method
provide important insights into various aspects of biology, including embryology, oncology or
immunology. The functioning and mutual interaction of individual cells cannot be fully
explained without knowledge of their exact location in the tissue.
Due to the novelty of the method, reconciling the obtained information on gene expression
and spatial arrangement of cells is currently a major challenge and bioinformatics approaches
are still being established. The aim of this work is to map the current algorithms for the
normalisation of spatially resolved transcriptomics data and to compare these algorithms
based on available data sets. Eventually, selected algorithms will be implemented and
integrated into the workflow used at IMG CAS. The work includes
i) survey of available solutions,
ii) selection of a suitable solution or design of a new one,
iii) implementation of the solution and its testing on available data.
 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html